Fortsat afbudsramte Bayern München gjorde et hæderligt forsøg, men Inter er klar til Champions Leagues semifinaler.
Det står klart efter 2-2 i Milano onsdag aften og dermed 4-3 samlet.
Harry Kane udlignede den italienske føring i en underholdende anden halvleg, men to hurtige scoringer efter hjørnespark skabte eufori på Giuseppe Meazza, inden Eric Dier med sit mål skabte en højintens afslutning.
Bayern var igen uden Manuel Neuer, Alphonso Davies, Dayot Upamecano og Jamal Musiala, og især sidstnævnte havde pyntet i et opgør, hvor tyskerne manglede den sidste kreativitet og skarphed.
Som i 2009/10-sæsonen, hvor Inter vandt sin tredje og senest europæiske mesterskabstitel, skal holdet op mod FC Barcelona i semifinalerne.
Første slag står i Barcelona om to uger, inden Giuseppe Meazza danner ramme om returmødet en uge senere.
Ligesom i München tog Bayern fat i kuglen fra første fløjt, mens Inter omvendt gerne ville bryde tyskernes spil og spille hurtige omstillinger.
Det begyndte lidt vaklende for værterne, da der var adskillige huller i den italienske defensiv. Til gengæld var forsvarsspillernes individuelle niveau tårnhøjt, og kastanjerne blev med bravur reddet ud af ilden i flere omgange.
Siden havde Inter en lovende periode offensivt med et par nærgående forsøg, inden Bayern sluttede bedst af inden pausen.
Thomas Müller og Leroy Sane fik begge ram på målrammen, men den tidligere Bayern-reserve Yann Sommer var vågen og holdt scoren på 0-0 ved sideskiftet.
Hvad første halvleg manglede målmæssigt, kom straks efter genstarten, hvor chancerne flød i begge ender.
Bayern skabte balance i det samlede regnskab, da Harry Kane fandt vej gennem Federico Dimarcos ben og sendte kuglen i nettet uden for Sommers rækkevidde.
Men Inter svarede hurtigt tilbage. Lautaro Martínez fik to forsøg efter Dimarcos hjørnespark, og efter at have kikset med hovedet var argentineren anderledes resolut med højrebenet.
Få minutter senere blev det også 2-1 og 4-2 samlet, da forsvarsspilleren Benjamin Pavard kraftfuldt pandede Hakan Calhanoglus hjørnespark fra den modsatte side ind bag den unge Bayern-vikar Jonas Urbig.
Bayern var tvunget i offensiven, og efter 75 minutter gav det pote, og igen var det efter et hjørnespark.
Tyskerne spillede det kort, og efter Serge Gnabrys indlæg headede den engelske stopper Eric Dier nærmest fra baglinjen bolden i en bue over Sommer og i nettet.
Det tyske pres var enormt i slutfasen, og både Kane, Thomas Müller og Kingsley Coman kom frem til muligheder, men Inters overlevelseskamp endte med sort/blå jubel.
/ritzau/
LIVE
VM-LIVE: Hæslig statistik
Zanka ville spille gratis for FC København
Superliga-skifte? I dialog med Kasper Dolberg
TOPNYHED
Jonas Lössl stopper karrieren
MEDIE
Solgt i vinter – nu vil FCM købe ham tilbage
NYHEDER
Afviste muligt cheftrænerjob i Superligaen
Dårlig Conference League-lodtrækning for FCK
EKSKLUSIVT
Afsløring: Brøndby sender angriber til Japan
EKSKLUSIVT På vej til Brøndby: ‘Han er stor og kraftfuld’
TOPNYHED
Her er AGF’s Champions League-modstander
TRANSFER
Officielt: Real Madrid henter Premier League-ikon
EKSKLUSIVT
Afsløring: Sønderjyske forhandler om Abdirahman
NYHEDER
‘CV’: Her er AGF’s transferplaner
TIPSBLADET SPECIAL Her er 7 bud på Thomas Nørgaards afløser
TRANSFER
Køber Mads Bidstrup til spotpris
TRANSFER
FCK-boss roser varm bomber
NYHEDER
England sprudlede i underholdende målfest
EKSKLUSIVT
Tæt på FCK: ‘Han er meget tæt med superstjerne’
NYHEDER
Rekordstort tilbud afvist: Nu siger Man. Utd. ‘Ja’
EKSKLUSIVT David Nielsen: Han kan blive en gud til evig tid!
EKSKLUSIVT
Afsløring: Bombe – FCK tæt på Kristjaan Speakman
AVIS
Møde med agenten – de vil have Højbjerg
NYHEDER
Luis Diaz blev matchvinder i colombiansk sejr
Raser over Messi-situation: Skandaløst!
Tæt på FCK: Rekordsalg og flere kæmpe scoops
Undskylder til Riemer: ‘Jeg er et kæmpe pikhoved’
NYHEDER
Her er FCK’s modstander i Conference League
TOPNYHED
– Derfor bliver det en svær opgave for Nørgaard
TOPNYHED
Superliga-stjerne fik kæmpe VM-helterolle
Nu skal FCK-stjerne redde dem fra kæmpe krise
Afviser: Han er IKKE på vej til Brøndby
MEDIE
Får afvist bud på dansk profil
FANKLUBBEN Det har været en elendig sæson
OPTAKT
Mexico – Sydkorea
EKSKLUSIVT