Fortsat afbudsramte Bayern München gjorde et hæderligt forsøg, men Inter er klar til Champions Leagues semifinaler.
Det står klart efter 2-2 i Milano onsdag aften og dermed 4-3 samlet.
Harry Kane udlignede den italienske føring i en underholdende anden halvleg, men to hurtige scoringer efter hjørnespark skabte eufori på Giuseppe Meazza, inden Eric Dier med sit mål skabte en højintens afslutning.
Bayern var igen uden Manuel Neuer, Alphonso Davies, Dayot Upamecano og Jamal Musiala, og især sidstnævnte havde pyntet i et opgør, hvor tyskerne manglede den sidste kreativitet og skarphed.
Som i 2009/10-sæsonen, hvor Inter vandt sin tredje og senest europæiske mesterskabstitel, skal holdet op mod FC Barcelona i semifinalerne.
Første slag står i Barcelona om to uger, inden Giuseppe Meazza danner ramme om returmødet en uge senere.
Ligesom i München tog Bayern fat i kuglen fra første fløjt, mens Inter omvendt gerne ville bryde tyskernes spil og spille hurtige omstillinger.
Det begyndte lidt vaklende for værterne, da der var adskillige huller i den italienske defensiv. Til gengæld var forsvarsspillernes individuelle niveau tårnhøjt, og kastanjerne blev med bravur reddet ud af ilden i flere omgange.
Siden havde Inter en lovende periode offensivt med et par nærgående forsøg, inden Bayern sluttede bedst af inden pausen.
Thomas Müller og Leroy Sane fik begge ram på målrammen, men den tidligere Bayern-reserve Yann Sommer var vågen og holdt scoren på 0-0 ved sideskiftet.
Hvad første halvleg manglede målmæssigt, kom straks efter genstarten, hvor chancerne flød i begge ender.
Bayern skabte balance i det samlede regnskab, da Harry Kane fandt vej gennem Federico Dimarcos ben og sendte kuglen i nettet uden for Sommers rækkevidde.
Men Inter svarede hurtigt tilbage. Lautaro Martínez fik to forsøg efter Dimarcos hjørnespark, og efter at have kikset med hovedet var argentineren anderledes resolut med højrebenet.
Få minutter senere blev det også 2-1 og 4-2 samlet, da forsvarsspilleren Benjamin Pavard kraftfuldt pandede Hakan Calhanoglus hjørnespark fra den modsatte side ind bag den unge Bayern-vikar Jonas Urbig.
Bayern var tvunget i offensiven, og efter 75 minutter gav det pote, og igen var det efter et hjørnespark.
Tyskerne spillede det kort, og efter Serge Gnabrys indlæg headede den engelske stopper Eric Dier nærmest fra baglinjen bolden i en bue over Sommer og i nettet.
Det tyske pres var enormt i slutfasen, og både Kane, Thomas Müller og Kingsley Coman kom frem til muligheder, men Inters overlevelseskamp endte med sort/blå jubel.
/ritzau/
LIVE
LIVE: ‘Venter stort transfervindue for OB’
MEDIE
Offentliggøres i dag
NYHEDER
Gravesen dødsdømmer Superliga-klub
AVIS
Andreas Christensen afviser tilbud
EKSKLUSIVT
Inden guldbrag: Spillede i FCM – holder nu med AGF
Barcelona-avis fremhæver Martin Braithwaite
NYHEDER
I svime over Froholdt: ‘Startede i København’
TIPSBLADETS DOM
Din store klovn – hvor kom det fra, FCK?
FC København-transfer kan rykke tættere på lørdag
NYHEDER
Tidligere FCK-spiller dømt i retten
OPTAKT
FC Midtjylland – AGF
NYHEDER
Roser Frank: Vil gerne mødes med ham
EKSKLUSIVT
Jacob Bruun Larsens gav ‘et ret stort pengebeløb’
EKSKLUSIVT Dommerekspert: Store skæverter og en hyldestsang
MEDIE
Vækker opsigt – Thomasberg bliver væk
EKSKLUSIVT
Ny Graulund med vild kamp: ‘Okay, vanvittigt!’
NYHEDER
Blev Viborg snydt? ‘Ser meget mistænkeligt ud’
EKSKLUSIVT
Kender FCK-træner: ‘Han får et stort job en dag’
NYHEDER
Eriksen med nøglerolle i historisk kamp
Udenlandske medier med fokus på FCM-reserve
MEDIE
Ny storklub jagter Roony Bardghji
NYHEDER
I svime over Chido Obi – stjæler alle overskrifter
TIPSBLADETS DOM
Glem det, Brøndby – det stinker af medaljer!
MEDIE
Er det Dolbergs vilde millionløn?
TIPSBLADETS DOM
Den største genistreg i Superligaen?
NYHEDER
Roser FCK’er: De kunne ikke kontrollere ham
Froholdt sparker FC Porto på guldkurs
INTERVIEW
Kæmpe Brøndby-transfer? Cooper med klart ønske
NYHEDER
AGF har holdt fri inden FCM-brag
Dansker har knap sovet: ‘Det er surrealistisk’
NYHEDER
Slagter Superliga-tendens: ‘Så katastrofal!’
Riemer reagerer på stor landsholdschok
INTERVIEW ‘Min tid i FC København var helt perfekt’
Tøfting revser: Han er HELT ved siden af sig selv