Fortsat afbudsramte Bayern München gjorde et hæderligt forsøg, men Inter er klar til Champions Leagues semifinaler.
Det står klart efter 2-2 i Milano onsdag aften og dermed 4-3 samlet.
Harry Kane udlignede den italienske føring i en underholdende anden halvleg, men to hurtige scoringer efter hjørnespark skabte eufori på Giuseppe Meazza, inden Eric Dier med sit mål skabte en højintens afslutning.
Bayern var igen uden Manuel Neuer, Alphonso Davies, Dayot Upamecano og Jamal Musiala, og især sidstnævnte havde pyntet i et opgør, hvor tyskerne manglede den sidste kreativitet og skarphed.
Som i 2009/10-sæsonen, hvor Inter vandt sin tredje og senest europæiske mesterskabstitel, skal holdet op mod FC Barcelona i semifinalerne.
Første slag står i Barcelona om to uger, inden Giuseppe Meazza danner ramme om returmødet en uge senere.
Ligesom i München tog Bayern fat i kuglen fra første fløjt, mens Inter omvendt gerne ville bryde tyskernes spil og spille hurtige omstillinger.
Det begyndte lidt vaklende for værterne, da der var adskillige huller i den italienske defensiv. Til gengæld var forsvarsspillernes individuelle niveau tårnhøjt, og kastanjerne blev med bravur reddet ud af ilden i flere omgange.
Siden havde Inter en lovende periode offensivt med et par nærgående forsøg, inden Bayern sluttede bedst af inden pausen.
Thomas Müller og Leroy Sane fik begge ram på målrammen, men den tidligere Bayern-reserve Yann Sommer var vågen og holdt scoren på 0-0 ved sideskiftet.
Hvad første halvleg manglede målmæssigt, kom straks efter genstarten, hvor chancerne flød i begge ender.
Bayern skabte balance i det samlede regnskab, da Harry Kane fandt vej gennem Federico Dimarcos ben og sendte kuglen i nettet uden for Sommers rækkevidde.
Men Inter svarede hurtigt tilbage. Lautaro Martínez fik to forsøg efter Dimarcos hjørnespark, og efter at have kikset med hovedet var argentineren anderledes resolut med højrebenet.
Få minutter senere blev det også 2-1 og 4-2 samlet, da forsvarsspilleren Benjamin Pavard kraftfuldt pandede Hakan Calhanoglus hjørnespark fra den modsatte side ind bag den unge Bayern-vikar Jonas Urbig.
Bayern var tvunget i offensiven, og efter 75 minutter gav det pote, og igen var det efter et hjørnespark.
Tyskerne spillede det kort, og efter Serge Gnabrys indlæg headede den engelske stopper Eric Dier nærmest fra baglinjen bolden i en bue over Sommer og i nettet.
Det tyske pres var enormt i slutfasen, og både Kane, Thomas Müller og Kingsley Coman kom frem til muligheder, men Inters overlevelseskamp endte med sort/blå jubel.
/ritzau/
STORT INTERVIEW Aral Simsir i kæmpe kærlighedserklæring
AVIS
Tæt på aftale med Andreas Christensen
MEDIE
Transferbombe i Real Madrid?
NYHEDER
Ikke kun Zanka – FCK melder disse spillere færdige
OPTAKT
FC Midtjylland – Brøndby IF
Froholdt med vild hæder i Portugal
OPTAKT
AGF – Viborg FF
TOPNYHED Pokalmestre: Her er FC Midtjyllands vej i Europa
AVIS
‘Total enighed’: Så meget betaler Real Madrid
Lewandowski forlader FC Barcelona
Wolfsburg klarer første hurdle i overlevelsesjagt
Drømmer om én klub – men holder fast i farens råd
MEDIE
Hele Europa holder vejret: Vil Real Madrid sælge?
EKSKLUSIVT Afsløring: Brøndby arbejder på aftale med stjerne
NYHEDER
Nu har Manchester United tilbudt ham en kontrakt
Salah sender særlig besked
Tre nye skader – Bo Svensson afslører to startere
– AGF er en langt større klub, end jeg regnede med
Nartey-scoring sikrer Champions League-plads
TIPSBLADET SPECIAL Her er AGF’s mulige modstandere i Champions League
NYHEDER
Tilbudt forlængelse – ‘Jeg har andre muligheder’
NYHEDER
Ny offensiv transfer i FCN?
MEDIE
Arsenal åbner for at sælge Christian Nørgaard
Horsens holder fast i andenpladsen i intenst drama
EKSKLUSIVT
Vildt syn mødte AGF kl. 01.45: ‘Helt sindssygt!’
NYHEDER
Superliga-bombe på vej? Tror de vil hente Dolberg
NYHEDER
Markus Solbakken har fået konstateret sklerose
MEDIE
To storklubber bejler til Morten Hjulmand
EKSKLUSIVT
Dansker: – Jeg håber, at det bliver rigtig vildt
MEDIE
Stor Niels Frederiksen-nyhed på vej
Manchester City vinder FA Cup
KOMMENTAR
Sindssygt Simsir: Og nu skal du til udlandet!
EKSKLUSIVT Kaos i Madrid: ‘Han er VIRKELIG et problem’
OPTAKT
FC København – Randers FC
EKSKLUSIVT