Fortsat afbudsramte Bayern München gjorde et hæderligt forsøg, men Inter er klar til Champions Leagues semifinaler.
Det står klart efter 2-2 i Milano onsdag aften og dermed 4-3 samlet.
Harry Kane udlignede den italienske føring i en underholdende anden halvleg, men to hurtige scoringer efter hjørnespark skabte eufori på Giuseppe Meazza, inden Eric Dier med sit mål skabte en højintens afslutning.
Bayern var igen uden Manuel Neuer, Alphonso Davies, Dayot Upamecano og Jamal Musiala, og især sidstnævnte havde pyntet i et opgør, hvor tyskerne manglede den sidste kreativitet og skarphed.
Som i 2009/10-sæsonen, hvor Inter vandt sin tredje og senest europæiske mesterskabstitel, skal holdet op mod FC Barcelona i semifinalerne.
Første slag står i Barcelona om to uger, inden Giuseppe Meazza danner ramme om returmødet en uge senere.
Ligesom i München tog Bayern fat i kuglen fra første fløjt, mens Inter omvendt gerne ville bryde tyskernes spil og spille hurtige omstillinger.
Det begyndte lidt vaklende for værterne, da der var adskillige huller i den italienske defensiv. Til gengæld var forsvarsspillernes individuelle niveau tårnhøjt, og kastanjerne blev med bravur reddet ud af ilden i flere omgange.
Siden havde Inter en lovende periode offensivt med et par nærgående forsøg, inden Bayern sluttede bedst af inden pausen.
Thomas Müller og Leroy Sane fik begge ram på målrammen, men den tidligere Bayern-reserve Yann Sommer var vågen og holdt scoren på 0-0 ved sideskiftet.
Hvad første halvleg manglede målmæssigt, kom straks efter genstarten, hvor chancerne flød i begge ender.
Bayern skabte balance i det samlede regnskab, da Harry Kane fandt vej gennem Federico Dimarcos ben og sendte kuglen i nettet uden for Sommers rækkevidde.
Men Inter svarede hurtigt tilbage. Lautaro Martínez fik to forsøg efter Dimarcos hjørnespark, og efter at have kikset med hovedet var argentineren anderledes resolut med højrebenet.
Få minutter senere blev det også 2-1 og 4-2 samlet, da forsvarsspilleren Benjamin Pavard kraftfuldt pandede Hakan Calhanoglus hjørnespark fra den modsatte side ind bag den unge Bayern-vikar Jonas Urbig.
Bayern var tvunget i offensiven, og efter 75 minutter gav det pote, og igen var det efter et hjørnespark.
Tyskerne spillede det kort, og efter Serge Gnabrys indlæg headede den engelske stopper Eric Dier nærmest fra baglinjen bolden i en bue over Sommer og i nettet.
Det tyske pres var enormt i slutfasen, og både Kane, Thomas Müller og Kingsley Coman kom frem til muligheder, men Inters overlevelseskamp endte med sort/blå jubel.
/ritzau/
LIVE
TransferLIVE: Liverpool scouter FCM-profil
Rasende stjerne vil flå kontrakten over
TIPSBLADET SPECIAL
Her er seks bud på Robert Skovs næste klub
Ny Brøndby-stjerne? Stjæler overskrifterne
NYHEDER
Han tager hjem fra VM
NYHEDER
Stolt over dansk transfer
MEDIE
AGF køber ham
TIPSBLADET SPECIAL Her er 7 bud på Thomas Nørgaards afløser
TOPNYHED
Rasmus Højlund: De må gerne ryge tidligt ud af VM
MEDIE
Hjulmand enig med storklub – her er millionlønnen
TRANSFER
Dansk komet tæt på flot skifte: Her er prisen
Transfer-bombe? ‘Vi gør alt, hvad vi kan’
TOPNYHED
Lothar Matthäus med chokerende bud på VM-vinder
EKSKLUSIVT Afsløring: Bombe – Real Madrid overvejer Yirenkyi
TOPNYHED
‘Christian Eriksen havde advaret os’
NYHEDER
Elias Jelert færdig
EKSKLUSIVT
Afsløring: Jonathan Agyekum skifter til Sarajevo
INTERVIEW
Brøndby-chef reagerer på Christian Nørgaard
NYHEDER
Thomas Frank overrasker: De vinder VM
EKSKLUSIVT David Nielsen: Han kan blive en gud til evig tid!
EKSKLUSIVT
Alt vendt på hovedet for Werge: Rykker på hotel
TOPNYHED
På vej til Danmark: Stort medie døber ham “juvel”
MEDIE
Overraskende melding om Oliver Christensen
TRANSFER
FC Barcelona køber VM-angriber – her er prisen
MEDIE
Denne Superliga-klub lurer på Kalipha Jawla
Her kan du se Canada mod Bosnien-Hercegovina
EKSKLUSIVT
Han elsker Brøndby – vil gerne tilbage til Danmark
EKSKLUSIVT
Afsløring: Panathinaikos henter Casper Ankergren
NYHEDER
Efter skandaløse scener: Brøndby-fan sigtet
EKSKLUSIVT
Dansk træner fyret: ‘Åben for Danmark og udlandet’
MEDIE
Jordan Larsson meldes enig med denne klub
MEDIE
Brøndby henter Arnar Bjarki Gunnleifsson
FANKLUBBEN Det har været en elendig sæson
MEDIE
FC Midtjylland jagter Paris Saint-Germain-bomber
TOPNYHED