Fortsat afbudsramte Bayern München gjorde et hæderligt forsøg, men Inter er klar til Champions Leagues semifinaler.
Det står klart efter 2-2 i Milano onsdag aften og dermed 4-3 samlet.
Harry Kane udlignede den italienske føring i en underholdende anden halvleg, men to hurtige scoringer efter hjørnespark skabte eufori på Giuseppe Meazza, inden Eric Dier med sit mål skabte en højintens afslutning.
Bayern var igen uden Manuel Neuer, Alphonso Davies, Dayot Upamecano og Jamal Musiala, og især sidstnævnte havde pyntet i et opgør, hvor tyskerne manglede den sidste kreativitet og skarphed.
Som i 2009/10-sæsonen, hvor Inter vandt sin tredje og senest europæiske mesterskabstitel, skal holdet op mod FC Barcelona i semifinalerne.
Første slag står i Barcelona om to uger, inden Giuseppe Meazza danner ramme om returmødet en uge senere.
Ligesom i München tog Bayern fat i kuglen fra første fløjt, mens Inter omvendt gerne ville bryde tyskernes spil og spille hurtige omstillinger.
Det begyndte lidt vaklende for værterne, da der var adskillige huller i den italienske defensiv. Til gengæld var forsvarsspillernes individuelle niveau tårnhøjt, og kastanjerne blev med bravur reddet ud af ilden i flere omgange.
Siden havde Inter en lovende periode offensivt med et par nærgående forsøg, inden Bayern sluttede bedst af inden pausen.
Thomas Müller og Leroy Sane fik begge ram på målrammen, men den tidligere Bayern-reserve Yann Sommer var vågen og holdt scoren på 0-0 ved sideskiftet.
Hvad første halvleg manglede målmæssigt, kom straks efter genstarten, hvor chancerne flød i begge ender.
Bayern skabte balance i det samlede regnskab, da Harry Kane fandt vej gennem Federico Dimarcos ben og sendte kuglen i nettet uden for Sommers rækkevidde.
Men Inter svarede hurtigt tilbage. Lautaro Martínez fik to forsøg efter Dimarcos hjørnespark, og efter at have kikset med hovedet var argentineren anderledes resolut med højrebenet.
Få minutter senere blev det også 2-1 og 4-2 samlet, da forsvarsspilleren Benjamin Pavard kraftfuldt pandede Hakan Calhanoglus hjørnespark fra den modsatte side ind bag den unge Bayern-vikar Jonas Urbig.
Bayern var tvunget i offensiven, og efter 75 minutter gav det pote, og igen var det efter et hjørnespark.
Tyskerne spillede det kort, og efter Serge Gnabrys indlæg headede den engelske stopper Eric Dier nærmest fra baglinjen bolden i en bue over Sommer og i nettet.
Det tyske pres var enormt i slutfasen, og både Kane, Thomas Müller og Kingsley Coman kom frem til muligheder, men Inters overlevelseskamp endte med sort/blå jubel.
/ritzau/
LIVE
LIVE: Forlænger med dansk stortalent
NYHEDER
Dansk landsholdsspiller forlænger med Stuttgart
EKSKLUSIVT
Slagter FCM-profil: ‘Han kan ikke spille fodbold!’
NYHEDER
Stjerner gav klar besked til Eriksen
KARAKTERER
Er du gal en spiller – han koster over 100 mio.!
Her er de tidligere vindere af Forårets Profil
NYHEDER
De overvejer Christian Eriksen
LIGE NU
Kæmpe salg på vej? Superliga-stjerne med afsløring
TOPNYHED Pokalmestre: Her er FC Midtjyllands vej i Europa
NYHEDER
Kylian Mbappé: Jeg er trænerens fjerdevalg
INTERVIEW
Sur FC København-boss: En følelse af ‘hvorfor?’
MEDIE
Vildt prisskilt! PL-trio jagter Superliga-stjerne
INTERVIEW
Simsir overvejede karrieren: Skal jeg give slip?
EKSKLUSIVT Afsløring: Brøndby arbejder på aftale med stjerne
NYHEDER
De er favoritter til at hente Kasper Høgh
INTERVIEW
Delaney: Elsker atmosfære men det var i overkanten
FCM-profil tordner: ‘En skandale’
NYHEDER
Opfordrer danske stjerner: Kom nu hjem!
Her kan du se FC København mod FC Midtjylland
TIPSBLADET SPECIAL Her er AGF’s mulige modstandere i Champions League
NYHEDER
– De to kan måske give AGF 100 millioner tilsammen
Højlund-statistik bekymrer i Napoli
NYHEDER
Nederlag koster dyrt: FC København nedjusterer
Tjente kassen i Brøndby – det er hans løn nu
NYHEDER
Frank til denne klub? ‘Hvis de ikke er højrøvede’
INTERVIEW
Tullberg blæst bagover: ‘Fuldstændig voldsomt’
Kæmpe Brøndby-bud – ‘han skifter snart’
Raser: Det er latterligt!
TRANSFER
Manchester United med chokbud på Real-stjerne?
LIVE: Slutfløjt i Parken
STORT INTERVIEW
– Jeg sagde, Jakob Poulsen var et uambitiøst valg
TOPNYHED
Sådan fordeler de danske Europa-pladser sig
EKSKLUSIVT Kaos i Madrid: ‘Han er VIRKELIG et problem’
INTERVIEW
Låste sig inde derhjemme: Kunne høres i Esbjerg