Fortsat afbudsramte Bayern München gjorde et hæderligt forsøg, men Inter er klar til Champions Leagues semifinaler.
Det står klart efter 2-2 i Milano onsdag aften og dermed 4-3 samlet.
Harry Kane udlignede den italienske føring i en underholdende anden halvleg, men to hurtige scoringer efter hjørnespark skabte eufori på Giuseppe Meazza, inden Eric Dier med sit mål skabte en højintens afslutning.
Bayern var igen uden Manuel Neuer, Alphonso Davies, Dayot Upamecano og Jamal Musiala, og især sidstnævnte havde pyntet i et opgør, hvor tyskerne manglede den sidste kreativitet og skarphed.
Som i 2009/10-sæsonen, hvor Inter vandt sin tredje og senest europæiske mesterskabstitel, skal holdet op mod FC Barcelona i semifinalerne.
Første slag står i Barcelona om to uger, inden Giuseppe Meazza danner ramme om returmødet en uge senere.
Ligesom i München tog Bayern fat i kuglen fra første fløjt, mens Inter omvendt gerne ville bryde tyskernes spil og spille hurtige omstillinger.
Det begyndte lidt vaklende for værterne, da der var adskillige huller i den italienske defensiv. Til gengæld var forsvarsspillernes individuelle niveau tårnhøjt, og kastanjerne blev med bravur reddet ud af ilden i flere omgange.
Siden havde Inter en lovende periode offensivt med et par nærgående forsøg, inden Bayern sluttede bedst af inden pausen.
Thomas Müller og Leroy Sane fik begge ram på målrammen, men den tidligere Bayern-reserve Yann Sommer var vågen og holdt scoren på 0-0 ved sideskiftet.
Hvad første halvleg manglede målmæssigt, kom straks efter genstarten, hvor chancerne flød i begge ender.
Bayern skabte balance i det samlede regnskab, da Harry Kane fandt vej gennem Federico Dimarcos ben og sendte kuglen i nettet uden for Sommers rækkevidde.
Men Inter svarede hurtigt tilbage. Lautaro Martínez fik to forsøg efter Dimarcos hjørnespark, og efter at have kikset med hovedet var argentineren anderledes resolut med højrebenet.
Få minutter senere blev det også 2-1 og 4-2 samlet, da forsvarsspilleren Benjamin Pavard kraftfuldt pandede Hakan Calhanoglus hjørnespark fra den modsatte side ind bag den unge Bayern-vikar Jonas Urbig.
Bayern var tvunget i offensiven, og efter 75 minutter gav det pote, og igen var det efter et hjørnespark.
Tyskerne spillede det kort, og efter Serge Gnabrys indlæg headede den engelske stopper Eric Dier nærmest fra baglinjen bolden i en bue over Sommer og i nettet.
Det tyske pres var enormt i slutfasen, og både Kane, Thomas Müller og Kingsley Coman kom frem til muligheder, men Inters overlevelseskamp endte med sort/blå jubel.
/ritzau/
LIVE
LIVE: Kræver 745 millioner for United-emne
NYHEDER
Bo Henriksen: ‘Kæmpe Riemer-fejl var helt håbløs’
NYHEDER
Gravesen: Han er færdig på landsholdet!
Ikke sket i 33 år – nu kan han gøre det
Morten Bruun: ‘Det var simpelthen et mareridt!’
NYHEDER
– Nu har Riemers hold et helt andet ry i verden
Revser dansk retorik: Kan ikke holde det ud!
NYHEDER
Tøfting: ‘Hvad fanden’ gjorde FCK dét for?
KOMMENTAR Kæmpe fiasko: Selvfølgelig er Riemer fyringstruet
INTERVIEW
Stjerner smidt af holdet: Cooper deler nyt
NYHEDER
Møllers job i fare? ‘Må trykke på knappen, hvis..’
Christian Eriksen melder klart ud om fremtiden
Jacob Neestrup til kæmpeklub? ‘Kan han sagtens’
EKSKLUSIVT Kæmpe drama: Dansker skrider fra storsatsende klub
Udenlandske medier med ens kritik af Danmark
AVIS
Chokskifte? Pep Guardiola nævnes
NYHEDER
Tøfting: Glem det – så kan DBU lukke hele lortet!
Ny mavepuster til udlejet FC København-spiller
NYHEDER
Afgørende i mesterskabskampen? Snydt for straffe
MEDIE Skulle til FCM i kæmpehandel – nu skifter han
NYHEDER
Gravesen: De ord ‘kan få fatale konsekvenser!’
INTERVIEW
Riemer-detalje ryster: Huset brænder for helvede!
NYHEDER
Rønnow om fremtiden: Det kommer ikke til at ske
AVIS
Kongeløn: Så meget tjener Højbjerg
NYHEDER
– Jeg er ked af, hvis jeg har stødt nogen
TOPNYHED
Det afgør Chido Obis United-fremtid
HELT VILDT
Ukendt spiller fra dansk klub fik landsholdsdebut
EKSKLUSIVT
Afsløring: Kongehandel af FCM – her er prisen
MEDIE
Thomasberg tager tidl. Superliga-profil til nåde
Vildt forslag: Hvad med at hyre Thomas Frank?
NYHEDER
Helt gal med stjerne: Indlagt i tre døgn
AVIS
Ny melding om fremtiden
EKSKLUSIVT Voldsomme forskelle – her er Table of Justice
Kæk Wass: Han filmede!
Morten Bruun: Dansk stjernes ‘dårligste landskamp’
EKSKLUSIVT
88 kampe i FCK – i dag laver han noget helt andet
Superliga-klub bekræfter dialog med investor
TOPNYHED
Bo Henriksen med benhård dom over Danmark
Henter FC København-spiller
DAGENS SPILFORSLAG
Mål i Madrid
Eksperter fælder VM-dom over Superliga-stjerner
NYHEDER
Trænerlegende stopper
MEDIE
Falsk transferhistorie i omløb
AGF’s Europa-kampe skal spilles i Randers
INTERVIEW
Oscar Højlund sætter ord på lidt turbulent tid
Åbner op om hård tid efter racismekontrovers
DAGENS SPILFORSLAG
Orient kan vinde i Vest
Efter kæmpefiasko: Kræver at han trækker sig!
NYHEDER
Steve Cooper svarer nu på voldsomme anklager
INTERVIEW
Daniel Wass i opsigtsvækkende interview
HELT VILDT
Chelsea med historiens største PL-underskud
Ny Brøndby-spiller scorede i testkamp
INTERVIEW
Katastrofen lurer – nu reagerer Adam Daghim
På vej til DK? Står bag transferkup og rekordsalg