Fortsat afbudsramte Bayern München gjorde et hæderligt forsøg, men Inter er klar til Champions Leagues semifinaler.
Det står klart efter 2-2 i Milano onsdag aften og dermed 4-3 samlet.
Harry Kane udlignede den italienske føring i en underholdende anden halvleg, men to hurtige scoringer efter hjørnespark skabte eufori på Giuseppe Meazza, inden Eric Dier med sit mål skabte en højintens afslutning.
Bayern var igen uden Manuel Neuer, Alphonso Davies, Dayot Upamecano og Jamal Musiala, og især sidstnævnte havde pyntet i et opgør, hvor tyskerne manglede den sidste kreativitet og skarphed.
Som i 2009/10-sæsonen, hvor Inter vandt sin tredje og senest europæiske mesterskabstitel, skal holdet op mod FC Barcelona i semifinalerne.
Første slag står i Barcelona om to uger, inden Giuseppe Meazza danner ramme om returmødet en uge senere.
Ligesom i München tog Bayern fat i kuglen fra første fløjt, mens Inter omvendt gerne ville bryde tyskernes spil og spille hurtige omstillinger.
Det begyndte lidt vaklende for værterne, da der var adskillige huller i den italienske defensiv. Til gengæld var forsvarsspillernes individuelle niveau tårnhøjt, og kastanjerne blev med bravur reddet ud af ilden i flere omgange.
Siden havde Inter en lovende periode offensivt med et par nærgående forsøg, inden Bayern sluttede bedst af inden pausen.
Thomas Müller og Leroy Sane fik begge ram på målrammen, men den tidligere Bayern-reserve Yann Sommer var vågen og holdt scoren på 0-0 ved sideskiftet.
Hvad første halvleg manglede målmæssigt, kom straks efter genstarten, hvor chancerne flød i begge ender.
Bayern skabte balance i det samlede regnskab, da Harry Kane fandt vej gennem Federico Dimarcos ben og sendte kuglen i nettet uden for Sommers rækkevidde.
Men Inter svarede hurtigt tilbage. Lautaro Martínez fik to forsøg efter Dimarcos hjørnespark, og efter at have kikset med hovedet var argentineren anderledes resolut med højrebenet.
Få minutter senere blev det også 2-1 og 4-2 samlet, da forsvarsspilleren Benjamin Pavard kraftfuldt pandede Hakan Calhanoglus hjørnespark fra den modsatte side ind bag den unge Bayern-vikar Jonas Urbig.
Bayern var tvunget i offensiven, og efter 75 minutter gav det pote, og igen var det efter et hjørnespark.
Tyskerne spillede det kort, og efter Serge Gnabrys indlæg headede den engelske stopper Eric Dier nærmest fra baglinjen bolden i en bue over Sommer og i nettet.
Det tyske pres var enormt i slutfasen, og både Kane, Thomas Müller og Kingsley Coman kom frem til muligheder, men Inters overlevelseskamp endte med sort/blå jubel.
/ritzau/
LIVE
LIVE: Urimeligt at FCK har hjemmebane hver gang
NYHEDER
Stjerner gav klar besked til Eriksen
NYHEDER
De overvejer Christian Eriksen
NYHEDER
– De to kan måske give AGF 100 millioner tilsammen
Tjente kassen i Brøndby – det er hans løn nu
Kæmpe Brøndby-bud – ‘han skifter snart’
Højlund-statistik bekymrer i Napoli
TIPSBLADET SPECIAL Dommerekspert: ‘Straffespark otte dage om ugen!’
NYHEDER
Bo Svensson åbner op om forbehold ved FCK-job
NYHEDER
Superliga-bombe på vej? Tror de vil hente Dolberg
MEDIE
Hjulmand meldes færdig – skuffelse kan overtage
NYHEDER
Hård AGF-dom: Det nægter jeg simpelthen at tro på
NYHEDER
Manchester United vil i dialog: Er han ny træner?
TIPSBLADET SPECIAL Her er AGF’s mulige modstandere i Champions League
MEDIE
FC København og AGF jagter Igor Drapinski
HELT VILDT
Fra B.93 til MLS – her er danskers millionløn
NYHEDER
Jakob Poulsen trækker overskrifter i udlandet
Fyring på vej – nævner både Neestrup og Tullberg
STORT INTERVIEW
Blev rørt på en rasteplads: Vanvittigt træt af det
EKSKLUSIVT Kaos i Madrid: ‘Han er VIRKELIG et problem’
TRANSFER
Manchester United med chokbud på Real-stjerne?
AVIS
Dansk klub henter Nicolai Larsen
NYHEDER
Frank til denne klub? ‘Hvis de ikke er højrøvede’
NYHEDER
Røg ud hos Cooper: Brøndby-spiller i kovending
NYHEDER
Sker for første gang i 20 år for Real Betis
NYHEDER
Transferfri stjerne i København
TOPNYHED
Thomas Frank scorer sommerjob
STORT INTERVIEW
– Jeg sagde, Jakob Poulsen var et uambitiøst valg
NYHEDER
Revser FCM: ‘De kan ikke sælge ham for 150 mio.!’
NYHEDER
Han afløser Mike Tullberg i pokalfinalen
NYHEDER
Hylder ‘CV’: ‘Han snød mig hver gang’
TOPNYHED
Sådan fordeler de danske Europa-pladser sig
TIPSBLADET SPECIAL ‘Det er de der skide tv-penge’
INTERVIEW
Stor hyldest af Mike Tullberg
NYHEDER