Fortsat afbudsramte Bayern München gjorde et hæderligt forsøg, men Inter er klar til Champions Leagues semifinaler.
Det står klart efter 2-2 i Milano onsdag aften og dermed 4-3 samlet.
Harry Kane udlignede den italienske føring i en underholdende anden halvleg, men to hurtige scoringer efter hjørnespark skabte eufori på Giuseppe Meazza, inden Eric Dier med sit mål skabte en højintens afslutning.
Bayern var igen uden Manuel Neuer, Alphonso Davies, Dayot Upamecano og Jamal Musiala, og især sidstnævnte havde pyntet i et opgør, hvor tyskerne manglede den sidste kreativitet og skarphed.
Som i 2009/10-sæsonen, hvor Inter vandt sin tredje og senest europæiske mesterskabstitel, skal holdet op mod FC Barcelona i semifinalerne.
Første slag står i Barcelona om to uger, inden Giuseppe Meazza danner ramme om returmødet en uge senere.
Ligesom i München tog Bayern fat i kuglen fra første fløjt, mens Inter omvendt gerne ville bryde tyskernes spil og spille hurtige omstillinger.
Det begyndte lidt vaklende for værterne, da der var adskillige huller i den italienske defensiv. Til gengæld var forsvarsspillernes individuelle niveau tårnhøjt, og kastanjerne blev med bravur reddet ud af ilden i flere omgange.
Siden havde Inter en lovende periode offensivt med et par nærgående forsøg, inden Bayern sluttede bedst af inden pausen.
Thomas Müller og Leroy Sane fik begge ram på målrammen, men den tidligere Bayern-reserve Yann Sommer var vågen og holdt scoren på 0-0 ved sideskiftet.
Hvad første halvleg manglede målmæssigt, kom straks efter genstarten, hvor chancerne flød i begge ender.
Bayern skabte balance i det samlede regnskab, da Harry Kane fandt vej gennem Federico Dimarcos ben og sendte kuglen i nettet uden for Sommers rækkevidde.
Men Inter svarede hurtigt tilbage. Lautaro Martínez fik to forsøg efter Dimarcos hjørnespark, og efter at have kikset med hovedet var argentineren anderledes resolut med højrebenet.
Få minutter senere blev det også 2-1 og 4-2 samlet, da forsvarsspilleren Benjamin Pavard kraftfuldt pandede Hakan Calhanoglus hjørnespark fra den modsatte side ind bag den unge Bayern-vikar Jonas Urbig.
Bayern var tvunget i offensiven, og efter 75 minutter gav det pote, og igen var det efter et hjørnespark.
Tyskerne spillede det kort, og efter Serge Gnabrys indlæg headede den engelske stopper Eric Dier nærmest fra baglinjen bolden i en bue over Sommer og i nettet.
Det tyske pres var enormt i slutfasen, og både Kane, Thomas Müller og Kingsley Coman kom frem til muligheder, men Inters overlevelseskamp endte med sort/blå jubel.
/ritzau/
LIVE
VM-LIVE: Drama efter slutfløjt
EKSKLUSIVT
Afsløring: Stort Superliga-salg – lægetjek søndag
MEDIE
FCK sælger Jordan Larsson – her er prisen
Superliga-fordel? Her er deadline day i Danmark
Bekræfter: Nye regler kommer i Superligaen
TOPNYHED
‘Det største tilbageslag i min karriere’
NYHEDER
Brøndby bekræfter: Arbejder på transfer
Grimme VM-scener: ‘Alle kunne høre benet brække’
EKSKLUSIVT På vej til Brøndby: ‘Han er stor og kraftfuld’
AVIS
Udeblev fra træning – Superliga-transfer på vej
TransferLIVE: VM-sensation spøger i Real Madrid
TOPNYHED
Viaplay med stor AGF-nyhed
Brøler sender Mexico videre
TIPSBLADET SPECIAL Her er 7 bud på Thomas Nørgaards afløser
MEDIE
Neestrup og co. vil have Barca-spiller
TOPNYHED
Udpeger dansk stjerne: Kan ramme et nyt niveau
Dårlig Conference League-lodtrækning for FCK
TRANSFER
Teaser for transfer: ‘Vi har en god dialog’
STORT INTERVIEW
Åbner op om Brøndby-exit: Gav ikke nok tillid
EKSKLUSIVT David Nielsen: Han kan blive en gud til evig tid!
MEDIE
Tæt på at købe FC København-spiller
TRANSFER
Officielt: Real Madrid henter Premier League-ikon
NYHEDER
Afviste muligt cheftrænerjob i Superligaen
Zanka ville spille gratis for FC København
MEDIE
Liverpool med kæmpe bud, men det er ikke nok
EKSKLUSIVT
Afsløring: FC Midtjylland køber Friday Etim
Superliga-skifte? I dialog med Kasper Dolberg
TOPNYHED
Her er AGF’s Champions League-modstander
Tæt på FCK: Rekordsalg og flere kæmpe scoops
TRANSFER
Køber Mads Bidstrup til spotpris
Nu skal FCK-stjerne redde dem fra kæmpe krise
NYHEDER
Landstræner affejer Ronaldo-kritik
FANKLUBBEN Det har været en elendig sæson
TOPNYHED
Jonas Lössl stopper karrieren
EKSKLUSIVT