Arsenal skulle bruge et enkelt mål for at ekspedere Villarreal ud af Europa League, men det kom aldrig trods to stolpeforsøg fra Pierre-Emerick Aubameyang.
I stedet holdt spanierne med tidligere Arsenal-træner Unai Emery i spidsen stand og tog finalepladsen mod Manchester United.
Det blev 0-0 i London og samlet 2-1 til Villarreal efter sidste uges sejr.
Villarreal er dermed det eneste hold uden for England, der har fundet vej til en finale i de europæiske klubturneringer i år.
Med Manchester City og Chelseas Champions League-triumfer og Manchester Uniteds store forspring mod AS Roma i den anden Europa League-semifinale in mente var spørgsmålet forinden, om Arsenal skulle fuldende engelsk fodbolds finalekabale i de europæiske turneringer.
Det krævede en scoring hjemme mod Villarreal, men dem har London-holdet ikke for vane at lave mange af på Emirates Stadium for tiden.
For sjette hjemmekamp i træk lykkedes det ikke Arsenal at score i første halvleg, selv om det var tæt på midtvejs i halvlegen.
Aubameyang, der for nylig vendte tilbage efter malariasygdom, flugtede på stolpen med halvlegens mest nærgående forsøg.
Faktisk var gaboneseren tæt på igen med syv minutter til pause, men det skyldtes mest sløjt målmandsspil af Villarreals Geronimo Rulli, der tabte bolden tæt på eget mål.
Kampen åbnede mere op efter pausen med store chancer til begge mandskaber.
Arsenal kunne snildt have været foran fem minutter inde i anden halvleg, men Emile Smith Rowe løftede bolden forbi målet, selv om Rulli var rykket væk fra stregen.
Men Villarreal kunne også have taget føringen med lidt mere skarphed, og Emery kunne knapt tro, at Gerard Moreno sendte et slattent skud afsted efter 53 minutter på en stor mulighed.
Det begyndte at dufte af spansk avancement, men 12 minutter før tid steg Aubameyang til vejrs og ramte stolpen for anden gang.
Arsenal kom ikke tættere på, og i stedet får Emery nu chancen for at vinde Europa League for fjerde gang som træner.
Finalen spilles 26. maj i polske Gdansk.
/ritzau/
LIVE
LIVE: Brøndby uden to profiler mod Sønderjyske
MEDIE
Engelsk klub går all-in på Thomas Frank
Smider Salah-bombe
TOPNYHED
Ajax-træner reagerer på Dolberg-bombe
NYHEDER
Ekspert: Det bestemmer du ikke, Eriksen
MEDIE
Amir Richardson scorer kassen i FC København
OPTAKT
AGF – FC Midtjylland
Kæmpekøb retur til FC København?
NYHEDER
Werge: Han kan erstatte Kent Nielsen
STORT INTERVIEW
Vild udvikling – dansk sensation scorer på stribe
NYHEDER
Hård AGF-melding: ‘Det er virkelig alvorligt’
MEDIE
Stort flop i England – hent Elias Jelert
TOPNYHED Overfuset: Victor Kristiansen meldes færdig
AVIS
Kasper Dolberg-bombe meldes på vej
OPTAKT
FC København – Vejle Boldklub
TOPNYHED
Ekstrem spiller kan skifte til FC København
HELT VILDT
Stig Inge Bjørnebye med mulig transferbombe?
EKSKLUSIVT
Han er færdig i Brøndby
Svær tid: “Nu presser Randers mig ud”
EKSKLUSIVT Kærlighedserklæring – har fået Brøndby-tatovering
OPTAKT
Sønderjyske – Brøndby IF
Sprudler i MLS
Den fodboldgale by skal bryde 40 års tørke
Italiensk dommerchef efterforskes for svindel
TOPNYHED
Sender stikpille til FC København-flop
NYHEDER
Helt vildt, Ramaj – ikke sket siden FCK
Oddset styrtdykker
OPTAKT
Silkeborg IF – Randers FC
TOPNYHED
Afsløring: OB præsenterer meget snart ny spiller
City i FA Cup-finalen efter dramatisk afslutning
MEDIE
Et problem for Højlund? Han vender hjem til Napoli
FC København-transfer kan rykke tættere på lørdag
HELT VILDT
En voldsom ulighed
Wolfsburg henter et point til overlevelseskampen
