Arsenal skulle bruge et enkelt mål for at ekspedere Villarreal ud af Europa League, men det kom aldrig trods to stolpeforsøg fra Pierre-Emerick Aubameyang.
I stedet holdt spanierne med tidligere Arsenal-træner Unai Emery i spidsen stand og tog finalepladsen mod Manchester United.
Det blev 0-0 i London og samlet 2-1 til Villarreal efter sidste uges sejr.
Villarreal er dermed det eneste hold uden for England, der har fundet vej til en finale i de europæiske klubturneringer i år.
Med Manchester City og Chelseas Champions League-triumfer og Manchester Uniteds store forspring mod AS Roma i den anden Europa League-semifinale in mente var spørgsmålet forinden, om Arsenal skulle fuldende engelsk fodbolds finalekabale i de europæiske turneringer.
Det krævede en scoring hjemme mod Villarreal, men dem har London-holdet ikke for vane at lave mange af på Emirates Stadium for tiden.
For sjette hjemmekamp i træk lykkedes det ikke Arsenal at score i første halvleg, selv om det var tæt på midtvejs i halvlegen.
Aubameyang, der for nylig vendte tilbage efter malariasygdom, flugtede på stolpen med halvlegens mest nærgående forsøg.
Faktisk var gaboneseren tæt på igen med syv minutter til pause, men det skyldtes mest sløjt målmandsspil af Villarreals Geronimo Rulli, der tabte bolden tæt på eget mål.
Kampen åbnede mere op efter pausen med store chancer til begge mandskaber.
Arsenal kunne snildt have været foran fem minutter inde i anden halvleg, men Emile Smith Rowe løftede bolden forbi målet, selv om Rulli var rykket væk fra stregen.
Men Villarreal kunne også have taget føringen med lidt mere skarphed, og Emery kunne knapt tro, at Gerard Moreno sendte et slattent skud afsted efter 53 minutter på en stor mulighed.
Det begyndte at dufte af spansk avancement, men 12 minutter før tid steg Aubameyang til vejrs og ramte stolpen for anden gang.
Arsenal kom ikke tættere på, og i stedet får Emery nu chancen for at vinde Europa League for fjerde gang som træner.
Finalen spilles 26. maj i polske Gdansk.
/ritzau/
LIVE
TransferLIVE: Jagter Real Madrid-stjerne
OPTAKT
Argentina – Algeriet
EKSKLUSIVT
Afsløring: FC Midtjylland skriver med toptalent
TOPNYHED
Klar transfermelding
TRANSFER
Kæmpe dansk transfer beskrives som ‘done deal’
TOPNYHED
– Det er overraskende, siger ekspert om FCK
EKSKLUSIVT
Afsløring: Superliga-klub tæt på FCK-lejesvend
EKSKLUSIVT På vej til Brøndby: ‘Han er stor og kraftfuld’
Revser stjerne: ‘Han er rigtig, rigtig dårlig’
MEDIE
Denne klub drømmer om Højbjerg
TOPNYHED
VM-chok: Kæmpe brag kan vente i 1/16-finale
TOPNYHED
Afslører: Her gik det galt for Thomas Frank
HELT VILDT
Kendis dropper landsholdet efter Riemer-kontrovers
TIPSBLADET SPECIAL Her er 7 bud på Thomas Nørgaards afløser
MEDIE
Donald Trump ventes at bryde VM-tradition
NYHEDER
Kriseramte Leicester ansætter ny cheftræner
AVIS
Bayern München tilbyder ‘megaløn’ til superstjerne
MEDIE
Rekordstort bud på Thomas Jørgensen
MEDIE
Tidligere Brøndby-træner i spil til kæmpe job
EKSKLUSIVT David Nielsen: Han kan blive en gud til evig tid!
NYHEDER
Historisk påsætning undrer dommerekspert
Her er Tunesiens nye VM-træner
EKSKLUSIVT
Afsløring: Vålerenga sælger Elias Sørensen
TOPNYHED
– Jeg er dybt chokeret og forundret
EKSKLUSIVT
Afsløring: Morten Karlsen er ny U19-landstræner
Chok for FC København-kending: ‘Jeg føler med ham’
NYHEDER
FC Midtjylland henter assistent i Superliga-klub
MEDIE
VM-chok: Krisemøde – kan fyres efter én kamp
EKSKLUSIVT
Afsløring: Panathinaikos forhandler om ‘VK’
TOPNYHED
– Måske er det fordi jeg ikke er dansk
OPTAKT
Frankrig – Senegal
MEDIE
Vil hente tysk landsholdsstjerne
FANKLUBBEN Det har været en elendig sæson
TOPNYHED
Kæmpe hyldest: ‘Vi så en ny superstjerne’
