Arsenal skulle bruge et enkelt mål for at ekspedere Villarreal ud af Europa League, men det kom aldrig trods to stolpeforsøg fra Pierre-Emerick Aubameyang.
I stedet holdt spanierne med tidligere Arsenal-træner Unai Emery i spidsen stand og tog finalepladsen mod Manchester United.
Det blev 0-0 i London og samlet 2-1 til Villarreal efter sidste uges sejr.
Villarreal er dermed det eneste hold uden for England, der har fundet vej til en finale i de europæiske klubturneringer i år.
Med Manchester City og Chelseas Champions League-triumfer og Manchester Uniteds store forspring mod AS Roma i den anden Europa League-semifinale in mente var spørgsmålet forinden, om Arsenal skulle fuldende engelsk fodbolds finalekabale i de europæiske turneringer.
Det krævede en scoring hjemme mod Villarreal, men dem har London-holdet ikke for vane at lave mange af på Emirates Stadium for tiden.
For sjette hjemmekamp i træk lykkedes det ikke Arsenal at score i første halvleg, selv om det var tæt på midtvejs i halvlegen.
Aubameyang, der for nylig vendte tilbage efter malariasygdom, flugtede på stolpen med halvlegens mest nærgående forsøg.
Faktisk var gaboneseren tæt på igen med syv minutter til pause, men det skyldtes mest sløjt målmandsspil af Villarreals Geronimo Rulli, der tabte bolden tæt på eget mål.
Kampen åbnede mere op efter pausen med store chancer til begge mandskaber.
Arsenal kunne snildt have været foran fem minutter inde i anden halvleg, men Emile Smith Rowe løftede bolden forbi målet, selv om Rulli var rykket væk fra stregen.
Men Villarreal kunne også have taget føringen med lidt mere skarphed, og Emery kunne knapt tro, at Gerard Moreno sendte et slattent skud afsted efter 53 minutter på en stor mulighed.
Det begyndte at dufte af spansk avancement, men 12 minutter før tid steg Aubameyang til vejrs og ramte stolpen for anden gang.
Arsenal kom ikke tættere på, og i stedet får Emery nu chancen for at vinde Europa League for fjerde gang som træner.
Finalen spilles 26. maj i polske Gdansk.
/ritzau/
LIVE
LIVE: Viktor Dadason fåmæl om fremtiden
‘Jeg tror, Thomas Frank får dette job’
FCK afslører rekordbeløb i dansk fodbold
MEDIE
Disse 13 United-spillere meldes på vej væk
Smider Salah-bombe
NYHEDER
‘Det er pinligt for dansk fodbold’
MEDIE
Højbjerg trækker overskrifter: ‘Var rent selvmord’
EKSKLUSIVT Afsløring: AC Horsens tester nyt stortalent af
NYHEDER
Mathias Jensen drøner forgæves i Man. Utd.-sejr
Manchester United-stjerne kommenterer OB-opslag
NYHEDER
– Cooper aner ikke, hvad der foregår i Brøndby!
NYHEDER
Ekspert: To stjerner kan sende guldet til AGF!
TOPNYHED Overfuset: Victor Kristiansen meldes færdig
EKSKLUSIVT
Uvis fremtid for FCK-spiller – agenten deler nyt
Langer ud efter Hjulmand: Peger på fyring
TOPNYHED
Snydt for straffe? Dommerekspert melder klart ud
TIPSBLADETS DOM
Voldsom udvikling: Sælg ham dyrt, nu!
NYHEDER
Skidt nyt om Lukas Lerager
TOPNYHED
Ajax-træner reagerer på Dolberg-bombe
EKSKLUSIVT Kærlighedserklæring – har fået Brøndby-tatovering
Gratis adgang til Superliga-brag
NYHEDER
KEP revser Tullberg: ‘Han svækker holdet’
NYHEDER
Tullberg afslører: FCM-stjerne opereret i udlandet
MEDIE
Drømmer om stor Rasmus Højlund-kovending
NYHEDER
Werge: Han kan erstatte Kent Nielsen
Afvist – Brøndby undrer sig
AGF-profil stikker til FCM: Tror ikke det sker!
TIPSBLADETS DOM
Det var vanvittigt brutalt
NYHEDER
Målmandschok i Berlin – Rønnow ude for sæsonen
TIPSBLADET SPECIAL
Opfordrer til stor Superliga-ændring
NYHEDER
Ekspert: Det bestemmer du ikke, Eriksen
FC København-transfer kan rykke tættere på lørdag
MEDIE
Engelsk klub går all-in på Thomas Frank
MEDIE
Amir Richardson scorer kassen i FC København
