Arsenal skulle bruge et enkelt mål for at ekspedere Villarreal ud af Europa League, men det kom aldrig trods to stolpeforsøg fra Pierre-Emerick Aubameyang.
I stedet holdt spanierne med tidligere Arsenal-træner Unai Emery i spidsen stand og tog finalepladsen mod Manchester United.
Det blev 0-0 i London og samlet 2-1 til Villarreal efter sidste uges sejr.
Villarreal er dermed det eneste hold uden for England, der har fundet vej til en finale i de europæiske klubturneringer i år.
Med Manchester City og Chelseas Champions League-triumfer og Manchester Uniteds store forspring mod AS Roma i den anden Europa League-semifinale in mente var spørgsmålet forinden, om Arsenal skulle fuldende engelsk fodbolds finalekabale i de europæiske turneringer.
Det krævede en scoring hjemme mod Villarreal, men dem har London-holdet ikke for vane at lave mange af på Emirates Stadium for tiden.
For sjette hjemmekamp i træk lykkedes det ikke Arsenal at score i første halvleg, selv om det var tæt på midtvejs i halvlegen.
Aubameyang, der for nylig vendte tilbage efter malariasygdom, flugtede på stolpen med halvlegens mest nærgående forsøg.
Faktisk var gaboneseren tæt på igen med syv minutter til pause, men det skyldtes mest sløjt målmandsspil af Villarreals Geronimo Rulli, der tabte bolden tæt på eget mål.
Kampen åbnede mere op efter pausen med store chancer til begge mandskaber.
Arsenal kunne snildt have været foran fem minutter inde i anden halvleg, men Emile Smith Rowe løftede bolden forbi målet, selv om Rulli var rykket væk fra stregen.
Men Villarreal kunne også have taget føringen med lidt mere skarphed, og Emery kunne knapt tro, at Gerard Moreno sendte et slattent skud afsted efter 53 minutter på en stor mulighed.
Det begyndte at dufte af spansk avancement, men 12 minutter før tid steg Aubameyang til vejrs og ramte stolpen for anden gang.
Arsenal kom ikke tættere på, og i stedet får Emery nu chancen for at vinde Europa League for fjerde gang som træner.
Finalen spilles 26. maj i polske Gdansk.
/ritzau/
LIVE
LIVE: Voldsomme scener: 127 anholdte efter CL-brag
NYHEDER
Medie: Køber Højlund for 330 millioner
AVIS
Vild udvikling – melder 3 danskere færdige
NYHEDER
Peter Schmeichel lander stort job
HELT VILDT
Trækker overskrifter – i svime over Braithwaite
NYHEDER
Gravesen i svime: ‘Han er den afgørende spiller’
MEDIE
Kæmpe drama – stjerner i sammenstød til træning
EKSKLUSIVT Kommende FCK-stjerne? ‘Han har alt, der skal til!’
NYHEDER
‘Ansæt denne træner, Brøndby – og få stjerne med!’
NYHEDER
Kontant Eriksen-besked: ‘Ændrer ingenting!’
NYHEDER
Stort medie: Bo Henriksen kandidat til dette job
NYHEDER
Ekspert: Hvis det sker, bliver Tullberg fyret!
NYHEDER
‘Sæsonens dårligste kendelse’ – nu svarer dommer
AVIS Tror på millionkøb af FC København-spiller
Træner fyret: Medie nævner Jacob Neestrup
TOPNYHED
Trænerskifte: Steve Cooper meldes i spil
MEDIE
FCK sendte stort bud – nu jages han af storklub
MEDIE
United nærmer sig vanvittig sponsoraftale
NYHEDER
Her er scenarierne: Sådan bliver AGF mestre søndag
EKSKLUSIVT Erik Sviatchenko giver klart råd til FCM
EKSKLUSIVT
Afsløring: Færdig i Silkeborg
NYHEDER
Kritiserer SL-dommer: ‘En svinestreg af rang’
EKSKLUSIVT
‘Vi må se, hvad FC København vil’
MEDIE
AGF køber dansk profil
MEDIE
Man Utd lurede – nu skal han til Superligaen
MEDIE
Thomasberg lokker Superliga-dansker til Polen
NYHEDER
Kristiansen om FCK: ‘Jeg har en livline derinde’
NYHEDER
Morten Bruun: ‘Velkendt at FCM har dette problem’
NYHEDER
Frygter Christian Eriksen-problem
MEDIE
Jagter Brøndbys drømmetransfer fra i sommer
TRANSFER
Peter Schmeichel overrasker: Køb ham, Man Utd!
TOPNYHED
Skæbnedag venter Yuito Suzuki
TOPNYHED Overfuset: Victor Kristiansen meldes færdig
OPTAKT
Liverpool – Chelsea
MEDIE
