Arsenal skulle bruge et enkelt mål for at ekspedere Villarreal ud af Europa League, men det kom aldrig trods to stolpeforsøg fra Pierre-Emerick Aubameyang.
I stedet holdt spanierne med tidligere Arsenal-træner Unai Emery i spidsen stand og tog finalepladsen mod Manchester United.
Det blev 0-0 i London og samlet 2-1 til Villarreal efter sidste uges sejr.
Villarreal er dermed det eneste hold uden for England, der har fundet vej til en finale i de europæiske klubturneringer i år.
Med Manchester City og Chelseas Champions League-triumfer og Manchester Uniteds store forspring mod AS Roma i den anden Europa League-semifinale in mente var spørgsmålet forinden, om Arsenal skulle fuldende engelsk fodbolds finalekabale i de europæiske turneringer.
Det krævede en scoring hjemme mod Villarreal, men dem har London-holdet ikke for vane at lave mange af på Emirates Stadium for tiden.
For sjette hjemmekamp i træk lykkedes det ikke Arsenal at score i første halvleg, selv om det var tæt på midtvejs i halvlegen.
Aubameyang, der for nylig vendte tilbage efter malariasygdom, flugtede på stolpen med halvlegens mest nærgående forsøg.
Faktisk var gaboneseren tæt på igen med syv minutter til pause, men det skyldtes mest sløjt målmandsspil af Villarreals Geronimo Rulli, der tabte bolden tæt på eget mål.
Kampen åbnede mere op efter pausen med store chancer til begge mandskaber.
Arsenal kunne snildt have været foran fem minutter inde i anden halvleg, men Emile Smith Rowe løftede bolden forbi målet, selv om Rulli var rykket væk fra stregen.
Men Villarreal kunne også have taget føringen med lidt mere skarphed, og Emery kunne knapt tro, at Gerard Moreno sendte et slattent skud afsted efter 53 minutter på en stor mulighed.
Det begyndte at dufte af spansk avancement, men 12 minutter før tid steg Aubameyang til vejrs og ramte stolpen for anden gang.
Arsenal kom ikke tættere på, og i stedet får Emery nu chancen for at vinde Europa League for fjerde gang som træner.
Finalen spilles 26. maj i polske Gdansk.
/ritzau/
LIVE
VM-LIVE: Stjerneparade klar for Tyskland
AVIS
Dybt upopulær – VM-træner kan fyres torsdag
VM-brag i vente: Sådan er 1/16-finalerne lige nu
EKSKLUSIVT
Åben for skifte: ‘Kan virkelig godt lide Danmark’
NYHEDER
Klar besked til Haaland: Jeg er ligeglad
NYHEDER
FCK bekræfter salg: ‘Et ønske fra alle parter’
Medier i chok: ‘Er han historiens dårligste?’
MEDIE
De er enige med Mathias Jensen
EKSKLUSIVT FCK’s nye boss: Han er meget tæt med superstjerner
EKSKLUSIVT
Bech: ‘Derfor er porten sparket op’
NYHEDER
På vej til Danmark: ‘Jeg har ventet længe’
EKSKLUSIVT
Afsløring: Lyngby henter Mads Emil Larsen
AVIS
AGF-transfer ventes på plads inden 13. juli
EKSKLUSIVT På vej til Brøndby: ‘Han er stor og kraftfuld’
MEDIE
Pokerspil i gang – de kæmper om Jens Stage
OPTAKT
Ecuador – Tyskland
Afslører danskers pris – så meget vil OB få
Medie afslører vild AC-klausul i Barcelona
MEDIE
Real Madrid køber stjerne – vil sælge ham dyrt
EKSKLUSIVT På vej til Superligaen: Barcelona er vilde med ham
Supercomputer: Her er VM-finalen
Brager sammen med FCK: Hvilken forskel gør det?
OPTAKT
Norge – Frankrig
EKSKLUSIVT
I dialog om dansk bomber
OPTAKT
Tunesien – Holland
MEDIE
Vildt! Everton-stopper kan ende i Superligaen
VM-spiller får fem karantænedage
Afslører: FCK ringede aldrig
INTERVIEW
Delaney: ‘Han har niveauet til FC København’
OPTAKT
Curaçao – Elfenbenskysten
TOPNYHED
Irriteret Jürgen Klopp skrider fra interview
Her er Brasiliens vej til VM-finalen
EKSKLUSIVT David Nielsen: Han kan blive en gud til evig tid!
OPTAKT
Tyrkiet – USA
