Arsenal skulle bruge et enkelt mål for at ekspedere Villarreal ud af Europa League, men det kom aldrig trods to stolpeforsøg fra Pierre-Emerick Aubameyang.
I stedet holdt spanierne med tidligere Arsenal-træner Unai Emery i spidsen stand og tog finalepladsen mod Manchester United.
Det blev 0-0 i London og samlet 2-1 til Villarreal efter sidste uges sejr.
Villarreal er dermed det eneste hold uden for England, der har fundet vej til en finale i de europæiske klubturneringer i år.
Med Manchester City og Chelseas Champions League-triumfer og Manchester Uniteds store forspring mod AS Roma i den anden Europa League-semifinale in mente var spørgsmålet forinden, om Arsenal skulle fuldende engelsk fodbolds finalekabale i de europæiske turneringer.
Det krævede en scoring hjemme mod Villarreal, men dem har London-holdet ikke for vane at lave mange af på Emirates Stadium for tiden.
For sjette hjemmekamp i træk lykkedes det ikke Arsenal at score i første halvleg, selv om det var tæt på midtvejs i halvlegen.
Aubameyang, der for nylig vendte tilbage efter malariasygdom, flugtede på stolpen med halvlegens mest nærgående forsøg.
Faktisk var gaboneseren tæt på igen med syv minutter til pause, men det skyldtes mest sløjt målmandsspil af Villarreals Geronimo Rulli, der tabte bolden tæt på eget mål.
Kampen åbnede mere op efter pausen med store chancer til begge mandskaber.
Arsenal kunne snildt have været foran fem minutter inde i anden halvleg, men Emile Smith Rowe løftede bolden forbi målet, selv om Rulli var rykket væk fra stregen.
Men Villarreal kunne også have taget føringen med lidt mere skarphed, og Emery kunne knapt tro, at Gerard Moreno sendte et slattent skud afsted efter 53 minutter på en stor mulighed.
Det begyndte at dufte af spansk avancement, men 12 minutter før tid steg Aubameyang til vejrs og ramte stolpen for anden gang.
Arsenal kom ikke tættere på, og i stedet får Emery nu chancen for at vinde Europa League for fjerde gang som træner.
Finalen spilles 26. maj i polske Gdansk.
/ritzau/
LIVE
TransferLIVE: Første Real Madrid tilgang bekræftet
TOPNYHED
Jubler over dansk transfer: ‘Vi kan se et boom’
EKSKLUSIVT
Han elsker Brøndby – vil gerne tilbage til Danmark
TRANSFER
Brøndby henter Alexander Drexel
Ny Brøndby-stjerne? Stjæler overskrifterne
MEDIE
Hjulmand enig med storklub – her er millionlønnen
TOPNYHED
Rasmus Højlund: De må gerne ryge tidligt ud af VM
MEDIE
Jordan Larsson meldes enig med denne klub
TIPSBLADET SPECIAL Her er 7 bud på Thomas Nørgaards afløser
NYHEDER
Thomas Frank overrasker: De vinder VM
TRANSFER
FC Barcelona køber VM-angriber – her er prisen
EKSKLUSIVT
Alt vendt på hovedet for Werge: Rykker på hotel
INTERVIEW
Helt vildt: Har taget Morten Bruun 15 timer
EKSKLUSIVT Afsløring: Bombe – Real Madrid overvejer Yirenkyi
TRANSFER
Dansk komet tæt på flot skifte: Her er prisen
LIGE NU
Nu melder Christian Eriksen ud
TOPNYHED
‘Christian Eriksen havde advaret os’
EKSKLUSIVT
Nu kan tidligere Brøndby-stjerne hentes gratis
NYHEDER
Hamburger SV afviser at møde Superliga-klub
EKSKLUSIVT David Nielsen: Han kan blive en gud til evig tid!
NYHEDER
Kostede 640 millioner – nu er han færdig i United
EKSKLUSIVT
Bekræfter ny drejning for Clement Bischoff
TOPNYHED
Kent Nielsen sætter ord på jobskifte
EKSKLUSIVT
Afslører: ‘Kent Nielsen blev først irriteret’
EKSKLUSIVT
Økonomiske problemer – bud på dansk profil
EKSKLUSIVT
Dansk træner fyret: ‘Åben for Danmark og udlandet’
NYHEDER
VM-deltager skal ændre spilletrøje efter Fifa-krav
TOPNYHED
Lothar Matthäus med chokerende bud på VM-vinder
MEDIE
City med vildt rekordbud
OPTAKT
Optakt: Canada – Bosnien-Hercegovina
EKSKLUSIVT
Superliga-boss teaser: ‘Meget tæt på’
MEDIE
Meldes færdig – de er ‘besat’ af Ter Stegen
FANKLUBBEN Det har været en elendig sæson
INTERVIEW
Brøndby-chef reagerer på Christian Nørgaard
EKSKLUSIVT
