Arsenal skulle bruge et enkelt mål for at ekspedere Villarreal ud af Europa League, men det kom aldrig trods to stolpeforsøg fra Pierre-Emerick Aubameyang.
I stedet holdt spanierne med tidligere Arsenal-træner Unai Emery i spidsen stand og tog finalepladsen mod Manchester United.
Det blev 0-0 i London og samlet 2-1 til Villarreal efter sidste uges sejr.
Villarreal er dermed det eneste hold uden for England, der har fundet vej til en finale i de europæiske klubturneringer i år.
Med Manchester City og Chelseas Champions League-triumfer og Manchester Uniteds store forspring mod AS Roma i den anden Europa League-semifinale in mente var spørgsmålet forinden, om Arsenal skulle fuldende engelsk fodbolds finalekabale i de europæiske turneringer.
Det krævede en scoring hjemme mod Villarreal, men dem har London-holdet ikke for vane at lave mange af på Emirates Stadium for tiden.
For sjette hjemmekamp i træk lykkedes det ikke Arsenal at score i første halvleg, selv om det var tæt på midtvejs i halvlegen.
Aubameyang, der for nylig vendte tilbage efter malariasygdom, flugtede på stolpen med halvlegens mest nærgående forsøg.
Faktisk var gaboneseren tæt på igen med syv minutter til pause, men det skyldtes mest sløjt målmandsspil af Villarreals Geronimo Rulli, der tabte bolden tæt på eget mål.
Kampen åbnede mere op efter pausen med store chancer til begge mandskaber.
Arsenal kunne snildt have været foran fem minutter inde i anden halvleg, men Emile Smith Rowe løftede bolden forbi målet, selv om Rulli var rykket væk fra stregen.
Men Villarreal kunne også have taget føringen med lidt mere skarphed, og Emery kunne knapt tro, at Gerard Moreno sendte et slattent skud afsted efter 53 minutter på en stor mulighed.
Det begyndte at dufte af spansk avancement, men 12 minutter før tid steg Aubameyang til vejrs og ramte stolpen for anden gang.
Arsenal kom ikke tættere på, og i stedet får Emery nu chancen for at vinde Europa League for fjerde gang som træner.
Finalen spilles 26. maj i polske Gdansk.
/ritzau/
LIVE
LIVE: SL-profil åbner op for muligt skifte
NYHEDER
Ekspert: Hvis det sker, bliver Tullberg fyret!
Træner fyret: Medie nævner Jacob Neestrup
HELT VILDT
Laudrup og Elkjær: ‘Dér så det sort ud!’
MEDIE
AGF køber dansk profil
NYHEDER
Kritiserer SL-dommer: ‘En svinestreg af rang’
TOPNYHED
Trænerskifte: Steve Cooper meldes i spil
EKSKLUSIVT Kommende FCK-stjerne? ‘Han har alt, der skal til!’
NYHEDER
KEP: ‘Tror FCK taber den kamp’
MEDIE
Man Utd lurede – nu skal han til Superligaen
TIPSBLADET SPECIAL
Dommerekspert i kovending: Skal give rødt kort
MEDIE
Jagter Brøndbys drømmetransfer fra i sommer
NYHEDER
Blev svinet til af Mourinho: ‘You f…… bastard’
AVIS Tror på millionkøb af FC København-spiller
NYHEDER
Her er scenarierne: Sådan bliver AGF mestre søndag
EKSKLUSIVT
Afsløring: Færdig i Silkeborg
NYHEDER
Morten Bruun: ‘Velkendt at FCM har dette problem’
MEDIE
Jagtet af Brøndby og FCK – kan købes til spotpris
MEDIE
Færdig i Brøndby – nu er de i dialog
EKSKLUSIVT Erik Sviatchenko giver klart råd til FCM
HELT VILDT
I chok: ‘Jeg håber, han siger op i dag!’
Millionregn over ‘PC’
Arsenal er i Champions League-finalen
Tv-vært stopper på Viaplay
NYHEDER
‘Kan ikke se en træner, der er en bedre mulighed’
MEDIE
Står klar med 675 mio. for Barca-stjerne
Klar transferbesked til Christian Eriksen
MEDIE
Dansker jagtes af Aston Villa: Her er prisen
EKSKLUSIVT
Afsløring: DBU-boss stopper
NYHEDER
Frygteligt nyt for Yuito Suzuki
NYHEDER
Serie A-klub afviste tilbud på milliondyr dansker
NYHEDER
Markant transfermelding: ‘Det har Ove P. lovet’
TOPNYHED Overfuset: Victor Kristiansen meldes færdig
NYHEDER
Ny Tottenham-træner: Dét har løst mentalt problem
NYHEDER
