Arsenal skulle bruge et enkelt mål for at ekspedere Villarreal ud af Europa League, men det kom aldrig trods to stolpeforsøg fra Pierre-Emerick Aubameyang.
I stedet holdt spanierne med tidligere Arsenal-træner Unai Emery i spidsen stand og tog finalepladsen mod Manchester United.
Det blev 0-0 i London og samlet 2-1 til Villarreal efter sidste uges sejr.
Villarreal er dermed det eneste hold uden for England, der har fundet vej til en finale i de europæiske klubturneringer i år.
Med Manchester City og Chelseas Champions League-triumfer og Manchester Uniteds store forspring mod AS Roma i den anden Europa League-semifinale in mente var spørgsmålet forinden, om Arsenal skulle fuldende engelsk fodbolds finalekabale i de europæiske turneringer.
Det krævede en scoring hjemme mod Villarreal, men dem har London-holdet ikke for vane at lave mange af på Emirates Stadium for tiden.
For sjette hjemmekamp i træk lykkedes det ikke Arsenal at score i første halvleg, selv om det var tæt på midtvejs i halvlegen.
Aubameyang, der for nylig vendte tilbage efter malariasygdom, flugtede på stolpen med halvlegens mest nærgående forsøg.
Faktisk var gaboneseren tæt på igen med syv minutter til pause, men det skyldtes mest sløjt målmandsspil af Villarreals Geronimo Rulli, der tabte bolden tæt på eget mål.
Kampen åbnede mere op efter pausen med store chancer til begge mandskaber.
Arsenal kunne snildt have været foran fem minutter inde i anden halvleg, men Emile Smith Rowe løftede bolden forbi målet, selv om Rulli var rykket væk fra stregen.
Men Villarreal kunne også have taget føringen med lidt mere skarphed, og Emery kunne knapt tro, at Gerard Moreno sendte et slattent skud afsted efter 53 minutter på en stor mulighed.
Det begyndte at dufte af spansk avancement, men 12 minutter før tid steg Aubameyang til vejrs og ramte stolpen for anden gang.
Arsenal kom ikke tættere på, og i stedet får Emery nu chancen for at vinde Europa League for fjerde gang som træner.
Finalen spilles 26. maj i polske Gdansk.
/ritzau/
LIVE
TransferLIVE: De jagter Marcus Rashford
EKSKLUSIVT
Afsløring: FCN giver Lind fire år i rekordkøb
MEDIE
Forbereder bud på 970 mio.
INTERVIEW
Thomas Nørgaard: Han skal væk fra Brøndby
TOPNYHED
Lufter vild Ronaldo-teori
EKSKLUSIVT
Afsløring: FC København sælger Theo Sander
TRANSFER
‘Jeg begik en kæmpe fejl med Rasmus Højlund’
INTERVIEW
– Det sagde Mortensen til mig, da han skiftede
EKSKLUSIVT Tæt på FCK: ‘Han er meget tæt med superstjerne’
MEDIE
Chokskifte på vej?
MEDIE
Færdig i Real Madrid – han kan skifte helt gratis
TRANSFER
FC Barcelona køber VM-angriber
Deschamps rejser hjem til sin mors begravelse
EKSKLUSIVT På vej til Brøndby: ‘Han er stor og kraftfuld’
AVIS
Han vil til Tottenham – koster 688 millioner
Skylder FC København penge – straffes hårdt
NYHEDER
Viborg FF på rov hos Superliga-rivaler
MEDIE
Kommende Brøndby-spiller overgår kæmpestjerne
MEDIE
Til lægetjek i Superliga-klub
EKSKLUSIVT På vej til Superligaen: Barcelona er vilde med ham
NYHEDER
Neestrup afslører: Det gav et tillidsbrud i FCK
INTERVIEW
Åbner op for sommertransfer
NYHEDER
Historiske Ronaldo stempler ind i VM med to mål
Tilbudt FCK sidste år – nu henter Neestrup ham
MEDIE
Dovbyk på vej væk? Det forlanger Roma
OPTAKT
England – Ghana
Thomas Frank afslører: Var tæt på kæmpestjerne
TOPNYHED
FCK går på rov i Viborg
NYHEDER
– Derfor fyrer vi Thomasberg
HELT VILDT
Revser stjerne: ‘Fuldkommen katastrofalt!’
NYHEDER
Trump og Infantino skal overrække VM-trofæet
EKSKLUSIVT
Afsløring: Jordan Larsson til lægetjek
EKSKLUSIVT David Nielsen: Han kan blive en gud til evig tid!
TOPNYHED
Legende spår ny rolle til Patrick Dorgu
