Arsenal skulle bruge et enkelt mål for at ekspedere Villarreal ud af Europa League, men det kom aldrig trods to stolpeforsøg fra Pierre-Emerick Aubameyang.
I stedet holdt spanierne med tidligere Arsenal-træner Unai Emery i spidsen stand og tog finalepladsen mod Manchester United.
Det blev 0-0 i London og samlet 2-1 til Villarreal efter sidste uges sejr.
Villarreal er dermed det eneste hold uden for England, der har fundet vej til en finale i de europæiske klubturneringer i år.
Med Manchester City og Chelseas Champions League-triumfer og Manchester Uniteds store forspring mod AS Roma i den anden Europa League-semifinale in mente var spørgsmålet forinden, om Arsenal skulle fuldende engelsk fodbolds finalekabale i de europæiske turneringer.
Det krævede en scoring hjemme mod Villarreal, men dem har London-holdet ikke for vane at lave mange af på Emirates Stadium for tiden.
For sjette hjemmekamp i træk lykkedes det ikke Arsenal at score i første halvleg, selv om det var tæt på midtvejs i halvlegen.
Aubameyang, der for nylig vendte tilbage efter malariasygdom, flugtede på stolpen med halvlegens mest nærgående forsøg.
Faktisk var gaboneseren tæt på igen med syv minutter til pause, men det skyldtes mest sløjt målmandsspil af Villarreals Geronimo Rulli, der tabte bolden tæt på eget mål.
Kampen åbnede mere op efter pausen med store chancer til begge mandskaber.
Arsenal kunne snildt have været foran fem minutter inde i anden halvleg, men Emile Smith Rowe løftede bolden forbi målet, selv om Rulli var rykket væk fra stregen.
Men Villarreal kunne også have taget føringen med lidt mere skarphed, og Emery kunne knapt tro, at Gerard Moreno sendte et slattent skud afsted efter 53 minutter på en stor mulighed.
Det begyndte at dufte af spansk avancement, men 12 minutter før tid steg Aubameyang til vejrs og ramte stolpen for anden gang.
Arsenal kom ikke tættere på, og i stedet får Emery nu chancen for at vinde Europa League for fjerde gang som træner.
Finalen spilles 26. maj i polske Gdansk.
/ritzau/
LIVE
TransferLIVE: Medie melder ud om Hatzidiakos
MEDIE
Overraskende transfer-melding om Kvistgaarden
– Det kan Riemer simpelthen ikke overleve
TOPNYHED
Millionindkøb vender tilbage til FC Midtjylland
TRANSFER
Rygtet til FCK: ‘Der er interesse, men…’
EKSKLUSIVT
Thelander holder døren åben efter stærk sæson
TOPNYHED
‘Brøndby-stjerne er solgt inden VM’
TOPNYHED
Fuldstændigt uforstående: ‘Det er helt sort snak’
EKSKLUSIVT På vej til Superligaen: Barcelona er vilde med ham
MEDIE
Dansker tæt på stort skifte efter suveræn sæson
MEDIE
Manchester United afbryder forhandlingerne
TOPNYHED
Benhård kritik af Danmark
EKSKLUSIVT
Afsløring: Chok – Kent Nielsen-stop lurer i SIF
EKSKLUSIVT David Nielsen: Han kan blive en gud til evig tid!
TRANSFER
Betaler frikøbsklausul: Real Madrid henter stjerne
EKSKLUSIVT
Afsløring: Sporting CP køber Silas Andersen
EKSKLUSIVT
Drømmer om Brøndby: Vælter sig i henvendelser
MEDIE
I spil til stort job? Nævner Frederik Birk
TRANSFERPLAN
De burde drømme om denne Brøndby-spiller
FANKLUBBEN Det har været en elendig sæson
MEDIE
Vildt transferrygte skydes ned
MEDIE
Kostede 170 mio. i sommer – nu rygtes han til OB
TIPSBLADET SPECIAL
Fem bud – de kan erstatte Kent Nielsen
TOPNYHED
Nye VM-regler: Nu giver det direkte rødt kort
AGF ansætter fyret AC Horsens-træner
TRANSFER
Christian Eriksen med kryptisk transfer-svar
NYHEDER
Kasper Hjulmand fyret
Liverpool præsenterer succestræner
MEDIE
Jess Thorup fyret
NYHEDER
Bookmaker: Thomas Frank er blandt topfavoritterne
TOPNYHED
Stalkingsag i dansk klub: 17 sms’er på 5 minutter
EKSKLUSIVT
Legende hylder Dalsgaard: ‘Det er et eventyr’
TOPNYHED Giver bud på ny Brøndby-træner: I griner, men…
TRANSFER
Færdig i Brøndby? Træner med i denne klub
TRANSFER
