Arsenal skulle bruge et enkelt mål for at ekspedere Villarreal ud af Europa League, men det kom aldrig trods to stolpeforsøg fra Pierre-Emerick Aubameyang.
I stedet holdt spanierne med tidligere Arsenal-træner Unai Emery i spidsen stand og tog finalepladsen mod Manchester United.
Det blev 0-0 i London og samlet 2-1 til Villarreal efter sidste uges sejr.
Villarreal er dermed det eneste hold uden for England, der har fundet vej til en finale i de europæiske klubturneringer i år.
Med Manchester City og Chelseas Champions League-triumfer og Manchester Uniteds store forspring mod AS Roma i den anden Europa League-semifinale in mente var spørgsmålet forinden, om Arsenal skulle fuldende engelsk fodbolds finalekabale i de europæiske turneringer.
Det krævede en scoring hjemme mod Villarreal, men dem har London-holdet ikke for vane at lave mange af på Emirates Stadium for tiden.
For sjette hjemmekamp i træk lykkedes det ikke Arsenal at score i første halvleg, selv om det var tæt på midtvejs i halvlegen.
Aubameyang, der for nylig vendte tilbage efter malariasygdom, flugtede på stolpen med halvlegens mest nærgående forsøg.
Faktisk var gaboneseren tæt på igen med syv minutter til pause, men det skyldtes mest sløjt målmandsspil af Villarreals Geronimo Rulli, der tabte bolden tæt på eget mål.
Kampen åbnede mere op efter pausen med store chancer til begge mandskaber.
Arsenal kunne snildt have været foran fem minutter inde i anden halvleg, men Emile Smith Rowe løftede bolden forbi målet, selv om Rulli var rykket væk fra stregen.
Men Villarreal kunne også have taget føringen med lidt mere skarphed, og Emery kunne knapt tro, at Gerard Moreno sendte et slattent skud afsted efter 53 minutter på en stor mulighed.
Det begyndte at dufte af spansk avancement, men 12 minutter før tid steg Aubameyang til vejrs og ramte stolpen for anden gang.
Arsenal kom ikke tættere på, og i stedet får Emery nu chancen for at vinde Europa League for fjerde gang som træner.
Finalen spilles 26. maj i polske Gdansk.
/ritzau/
LIVE
VM-LIVE: Alexander Zorniger i voldsom FIFA-kritik
TOPNYHED
Serie 4-klub henter Bjørn Paulsen
EKSKLUSIVT
Afsløring: AGF afviser stort million-bud på Links
MEDIE
Rygte: Topklub i dialog med Hatzidiakos
MEDIE
Sunderland jagter dansk guldfugl
TRANSFER
FC Midtjylland sælger midtbanespiller
MEDIE
I dialog med Steve Cooper
EKSKLUSIVT
Lurer på to Midtjylland-spillere: ‘Vi står klar’
EKSKLUSIVT På vej til Brøndby: ‘Han er stor og kraftfuld’
TRANSFER
Marcondes afviser tilbud, men…
Holland udspiller Sverige i VM-storsejr
NYHEDER
Jens Stage-skifte i fare
TRANSFER
Neestrup og co. vil lokke stjerne med kæmpe løn
EKSKLUSIVT På vej til Superligaen: Barcelona er vilde med ham
EKSKLUSIVT
Kæmpe dansk succes: ‘Han har taget byen med storm’
EKSKLUSIVT
Forlænger med Brøndby trods interesse fra Salzburg
OPTAKT
Tyskland – Elfenbenskysten
EKSKLUSIVT
Afsløring: Stort Superliga-salg – lægetjek søndag
EKSKLUSIVT
Alexander Lind i kæmpe hyldest
EKSKLUSIVT David Nielsen: Han kan blive en gud til evig tid!
‘Så bliver min sommer ikke, som jeg ønsker den’
MEDIE
Superliga-klub i dialog om FCK-spiller
MEDIE
Enighed – dansk stortransfer tæt på
TOPNYHED
Tordner mod VM-træner
TOPNYHED
Spændende SL-nyhed: ‘Et meget vanskeligt sted’
MEDIE
FCK sælger Jordan Larsson – her er prisen
NYHEDER
Superliga-transfer? Prisen stiger med 50 millioner
TOPNYHED
‘Det største tilbageslag i min karriere’
NYHEDER
– Han besidder de kvaliteter, vi har brug for
Bekræfter: Nye regler kommer i Superligaen
EKSKLUSIVT
Superliga-boss med spændende transfermelding
TRANSFER
Interessant melding om VM-profil
FANKLUBBEN Det har været en elendig sæson
NYHEDER
Dame N’Doye scorer nyt job
