Arsenal skulle bruge et enkelt mål for at ekspedere Villarreal ud af Europa League, men det kom aldrig trods to stolpeforsøg fra Pierre-Emerick Aubameyang.
I stedet holdt spanierne med tidligere Arsenal-træner Unai Emery i spidsen stand og tog finalepladsen mod Manchester United.
Det blev 0-0 i London og samlet 2-1 til Villarreal efter sidste uges sejr.
Villarreal er dermed det eneste hold uden for England, der har fundet vej til en finale i de europæiske klubturneringer i år.
Med Manchester City og Chelseas Champions League-triumfer og Manchester Uniteds store forspring mod AS Roma i den anden Europa League-semifinale in mente var spørgsmålet forinden, om Arsenal skulle fuldende engelsk fodbolds finalekabale i de europæiske turneringer.
Det krævede en scoring hjemme mod Villarreal, men dem har London-holdet ikke for vane at lave mange af på Emirates Stadium for tiden.
For sjette hjemmekamp i træk lykkedes det ikke Arsenal at score i første halvleg, selv om det var tæt på midtvejs i halvlegen.
Aubameyang, der for nylig vendte tilbage efter malariasygdom, flugtede på stolpen med halvlegens mest nærgående forsøg.
Faktisk var gaboneseren tæt på igen med syv minutter til pause, men det skyldtes mest sløjt målmandsspil af Villarreals Geronimo Rulli, der tabte bolden tæt på eget mål.
Kampen åbnede mere op efter pausen med store chancer til begge mandskaber.
Arsenal kunne snildt have været foran fem minutter inde i anden halvleg, men Emile Smith Rowe løftede bolden forbi målet, selv om Rulli var rykket væk fra stregen.
Men Villarreal kunne også have taget føringen med lidt mere skarphed, og Emery kunne knapt tro, at Gerard Moreno sendte et slattent skud afsted efter 53 minutter på en stor mulighed.
Det begyndte at dufte af spansk avancement, men 12 minutter før tid steg Aubameyang til vejrs og ramte stolpen for anden gang.
Arsenal kom ikke tættere på, og i stedet får Emery nu chancen for at vinde Europa League for fjerde gang som træner.
Finalen spilles 26. maj i polske Gdansk.
/ritzau/
LIVE
TransferLIVE: Slår transferrekord
EKSKLUSIVT
Afsløring: Chok – Kent Nielsen-stop lurer i SIF
TIPSBLADET SPECIAL
Fem bud – de kan erstatte Kent Nielsen
MEDIE
Manchester United afbryder forhandlingerne
EKSKLUSIVT
Drømmer om Brøndby: Vælter sig i henvendelser
Dansker tæt på kæmpetransfer? ‘Kan ikke love…’
MEDIE
Kostede 170 mio. i sommer – nu rygtes han til OB
TRANSFER
Færdig i Brøndby – træner med i denne klub
TOPNYHED Nye VM-regler: Nu giver det direkte rødt kort
Klar opfordring: Gå efter Steve Cooper!
NYHEDER
Bookmaker: Thomas Frank er blandt topfavoritterne
TOPNYHED
Guf for Superligaen? Gartenmann færdig
TRANSFER
Medie: FC København jagter Michael Parker
EKSKLUSIVT David Nielsen: Han kan blive en gud til evig tid!
NYHEDER
Superligaen dropper det
EKSKLUSIVT
Afsløring: HSV køber Albert Grønbæk
MEDIE
Vildt transferrygte skydes ned
EKSKLUSIVT
Afsløring: Randers henter stortalent på Østerbro
TRANSFER
Jagter dansk stjerne – koster 300 mio.
FANKLUBBEN Det har været en elendig sæson
NYHEDER
Gab! Danmark spiller 0-0 mod DR Congo
EKSKLUSIVT
Rekordtransfer vil slutte karrieren i Danmark
MEDIE
Vildt! FC Barcelona-spiller rygtes til Superligaen
NYHEDER
– Højlund kan ikke holde det ud mere!
MEDIE
Trænede i Manchester City – FCK meldt interesseret
MEDIE
Chok: Han bliver Eriksens nye cheftræner
De 10 største stjerner, der misser VM
MEDIE
Danskerklub meldes på banen i kampen om Simsir
NYHEDER
Henrik Dalsgaard stopper karrieren
AGF ansætter fyret AC Horsens-træner
NYHEDER
Ny Brøndby-boss: Her er vores transferplaner
TOPNYHED
Medie: Han er Premier League-klubs drømmetransfer
TOPNYHED Giver bud på ny Brøndby-træner: I griner, men…
NYHEDER
Gravesen overrasker: Vælg ham, Liverpool!
