Arsenal skulle bruge et enkelt mål for at ekspedere Villarreal ud af Europa League, men det kom aldrig trods to stolpeforsøg fra Pierre-Emerick Aubameyang.
I stedet holdt spanierne med tidligere Arsenal-træner Unai Emery i spidsen stand og tog finalepladsen mod Manchester United.
Det blev 0-0 i London og samlet 2-1 til Villarreal efter sidste uges sejr.
Villarreal er dermed det eneste hold uden for England, der har fundet vej til en finale i de europæiske klubturneringer i år.
Med Manchester City og Chelseas Champions League-triumfer og Manchester Uniteds store forspring mod AS Roma i den anden Europa League-semifinale in mente var spørgsmålet forinden, om Arsenal skulle fuldende engelsk fodbolds finalekabale i de europæiske turneringer.
Det krævede en scoring hjemme mod Villarreal, men dem har London-holdet ikke for vane at lave mange af på Emirates Stadium for tiden.
For sjette hjemmekamp i træk lykkedes det ikke Arsenal at score i første halvleg, selv om det var tæt på midtvejs i halvlegen.
Aubameyang, der for nylig vendte tilbage efter malariasygdom, flugtede på stolpen med halvlegens mest nærgående forsøg.
Faktisk var gaboneseren tæt på igen med syv minutter til pause, men det skyldtes mest sløjt målmandsspil af Villarreals Geronimo Rulli, der tabte bolden tæt på eget mål.
Kampen åbnede mere op efter pausen med store chancer til begge mandskaber.
Arsenal kunne snildt have været foran fem minutter inde i anden halvleg, men Emile Smith Rowe løftede bolden forbi målet, selv om Rulli var rykket væk fra stregen.
Men Villarreal kunne også have taget føringen med lidt mere skarphed, og Emery kunne knapt tro, at Gerard Moreno sendte et slattent skud afsted efter 53 minutter på en stor mulighed.
Det begyndte at dufte af spansk avancement, men 12 minutter før tid steg Aubameyang til vejrs og ramte stolpen for anden gang.
Arsenal kom ikke tættere på, og i stedet får Emery nu chancen for at vinde Europa League for fjerde gang som træner.
Finalen spilles 26. maj i polske Gdansk.
/ritzau/
LIVE
TransferLIVE: Snart sker det
MEDIE
De vil have Rashford
MEDIE
Vildt! FC Barcelona-spiller rygtes til Superligaen
TOPNYHED
Nye VM-regler: Nu giver det direkte rødt kort
NYHEDER
– Højlund kan ikke holde det ud mere!
NYHEDER
Ny Brøndby-boss: Her er vores transferplaner
AGF ansætter fyret AC Horsens-træner
TOPNYHED
FCK-spiller åben for Panathinaikos-skifte
EKSKLUSIVT David Nielsen: Han kan blive en gud til evig tid!
AVIS
Kan sende 39 millioner til Superliga-klub
TRANSFER
Forbereder megatransfers – Nørgaard-salg lurer
TRANSFER
Transferopfordring: Hent Jonas Wind
NYHEDER
Riemer lover: De får debut
FANKLUBBEN Det har været en elendig sæson
NYHEDER
Real Madrid-scoop? Jagter billig stjernespiller
NYHEDER
Spansk borgmester aflyser DR Congo-kamp
NYHEDER
Gravesen overrasker: Vælg ham, Liverpool!
TRANSFER
Medie: Grønbæk er millimeter fra drømmeskifte
TOPNYHED
Superliga-boss reagerer på Eriksen-rygte
TOPNYHED Giver bud på ny Brøndby-træner: I griner, men…
TRANSFER
Dansk stjerne om Steinlein: Han prøver alt
TRANSFER
Uventet skifte?
NYHEDER
Vender tilbage til skærmen
TRANSFER
Atlético lurer på angriber – koster 1,1 mia.
EKSKLUSIVT
Superliga-bombe: ‘Nogle vil finde det her bizart’
MEDIE
Jagter tidligere AGF’er
‘Er det uambitiøst af Brøndby? Ja…’
MEDIE
Meldes færdig – Jens Stryger på vej til Danmark?
NYHEDER
Brøndby-emne stordrømmer og afslører forhandlinger
NYHEDER
Udskiftning: Comeback på landsholdet efter to år
TOPNYHED
Patrick Mortensen: Derfor skifter jeg til Brøndby
MEDIE
Storklubber står i kø for Roony Bardghji
Opfordrer til fyring: Han er IKKE dygtig nok!
HELT VILDT
Arsenal-legende med succes i helt ny sport
NYHEDER
