Arsenal skulle bruge et enkelt mål for at ekspedere Villarreal ud af Europa League, men det kom aldrig trods to stolpeforsøg fra Pierre-Emerick Aubameyang.
I stedet holdt spanierne med tidligere Arsenal-træner Unai Emery i spidsen stand og tog finalepladsen mod Manchester United.
Det blev 0-0 i London og samlet 2-1 til Villarreal efter sidste uges sejr.
Villarreal er dermed det eneste hold uden for England, der har fundet vej til en finale i de europæiske klubturneringer i år.
Med Manchester City og Chelseas Champions League-triumfer og Manchester Uniteds store forspring mod AS Roma i den anden Europa League-semifinale in mente var spørgsmålet forinden, om Arsenal skulle fuldende engelsk fodbolds finalekabale i de europæiske turneringer.
Det krævede en scoring hjemme mod Villarreal, men dem har London-holdet ikke for vane at lave mange af på Emirates Stadium for tiden.
For sjette hjemmekamp i træk lykkedes det ikke Arsenal at score i første halvleg, selv om det var tæt på midtvejs i halvlegen.
Aubameyang, der for nylig vendte tilbage efter malariasygdom, flugtede på stolpen med halvlegens mest nærgående forsøg.
Faktisk var gaboneseren tæt på igen med syv minutter til pause, men det skyldtes mest sløjt målmandsspil af Villarreals Geronimo Rulli, der tabte bolden tæt på eget mål.
Kampen åbnede mere op efter pausen med store chancer til begge mandskaber.
Arsenal kunne snildt have været foran fem minutter inde i anden halvleg, men Emile Smith Rowe løftede bolden forbi målet, selv om Rulli var rykket væk fra stregen.
Men Villarreal kunne også have taget føringen med lidt mere skarphed, og Emery kunne knapt tro, at Gerard Moreno sendte et slattent skud afsted efter 53 minutter på en stor mulighed.
Det begyndte at dufte af spansk avancement, men 12 minutter før tid steg Aubameyang til vejrs og ramte stolpen for anden gang.
Arsenal kom ikke tættere på, og i stedet får Emery nu chancen for at vinde Europa League for fjerde gang som træner.
Finalen spilles 26. maj i polske Gdansk.
/ritzau/
LIVE
LIVE: Tottenham tæt på Robertson
Opfordrer til fyring: Han er IKKE dygtig nok!
HELT VILDT
Var en kæmpe SL-profil: I dag har jeg ikke en bil
TRANSFER
Tager afsked – varsler dialog med Brøndby
TOPNYHED
Laudrup kritiserer: Kan kalde dem FC Hollywood
AVIS
Kontrakten udløber – nu flytter han til Danmark
Kæmpe hyldest af Dorgu: ‘Utroligt at tænke på’
STORT INTERVIEW Køber Patrick Mortensens trøje for 75.250 kroner
MEDIE
Kan få store konsekvenser for Eriksen
NYHEDER
Kæmpe brølere sender Horsens mod Superligaen
EKSKLUSIVT
Afsløring: FCN forlænger med ombejlet stortalent
TOPNYHED
Hårdt angreb på DBU-boss
MEDIE
Tottenham enig med stjerne – en anden på vej
STORT INTERVIEW Fyret i Danmark efter 26 dage: En fantastisk tid
MEDIE
Usikker fremtid – det afgør Isaksens skæbne
TRANSFER
Afslører: Vi vil have Victor Nelsson
TRANSFERPLANEN
Han er gratis – ligger lige til højrebenet, AGF!
NYHEDER
Højlund slutter sæsonen med bravour
NYHEDER
Topboss sviner Barça til
Skylder FCM millioner – kan få store konsekvenser
INTERVIEW
Superliga-boss: ‘Jeg elsker Henrik Tønder’
MEDIE
Jacob Neestrup er enig med ny klub
AVIS
Stjerne på vej? Han koster kun 371 millioner
NYHEDER
Han er ny fodbolddirektør i Brøndby
NYHEDER
Storkamp af Patrick Dorgu
NYHEDER
Sammenligner Brøndby med Manchester United
NYHEDER
Superliga-klub scorer millioner efter nedrykning
TOPNYHED
Brøndby-rygte: Jeg håber, det bliver en dansker
STORT INTERVIEW Aral Simsir i kæmpe kærlighedserklæring
EKSKLUSIVT
Verdenskendt agentfirma kommer til Danmark
AVIS
Vildt: Brøndby-flop ønsket af store klubber
NYHEDER
Spansk chok: Hvor er Real Madrid-spillerne?
TOPNYHED
Forklarer – derfor gik det galt for Hoff Thorup
NYHEDER
‘En mulighed for at lokke en af de dygtige til’
