Arsenal skulle bruge et enkelt mål for at ekspedere Villarreal ud af Europa League, men det kom aldrig trods to stolpeforsøg fra Pierre-Emerick Aubameyang.
I stedet holdt spanierne med tidligere Arsenal-træner Unai Emery i spidsen stand og tog finalepladsen mod Manchester United.
Det blev 0-0 i London og samlet 2-1 til Villarreal efter sidste uges sejr.
Villarreal er dermed det eneste hold uden for England, der har fundet vej til en finale i de europæiske klubturneringer i år.
Med Manchester City og Chelseas Champions League-triumfer og Manchester Uniteds store forspring mod AS Roma i den anden Europa League-semifinale in mente var spørgsmålet forinden, om Arsenal skulle fuldende engelsk fodbolds finalekabale i de europæiske turneringer.
Det krævede en scoring hjemme mod Villarreal, men dem har London-holdet ikke for vane at lave mange af på Emirates Stadium for tiden.
For sjette hjemmekamp i træk lykkedes det ikke Arsenal at score i første halvleg, selv om det var tæt på midtvejs i halvlegen.
Aubameyang, der for nylig vendte tilbage efter malariasygdom, flugtede på stolpen med halvlegens mest nærgående forsøg.
Faktisk var gaboneseren tæt på igen med syv minutter til pause, men det skyldtes mest sløjt målmandsspil af Villarreals Geronimo Rulli, der tabte bolden tæt på eget mål.
Kampen åbnede mere op efter pausen med store chancer til begge mandskaber.
Arsenal kunne snildt have været foran fem minutter inde i anden halvleg, men Emile Smith Rowe løftede bolden forbi målet, selv om Rulli var rykket væk fra stregen.
Men Villarreal kunne også have taget føringen med lidt mere skarphed, og Emery kunne knapt tro, at Gerard Moreno sendte et slattent skud afsted efter 53 minutter på en stor mulighed.
Det begyndte at dufte af spansk avancement, men 12 minutter før tid steg Aubameyang til vejrs og ramte stolpen for anden gang.
Arsenal kom ikke tættere på, og i stedet får Emery nu chancen for at vinde Europa League for fjerde gang som træner.
Finalen spilles 26. maj i polske Gdansk.
/ritzau/
LIVE
LIVE: Tre AGF-talenter hædret
EKSPERT
Stjerne til Brøndby? Ja, hvis Steve Cooper smutter
NYHEDER
Meldes færdig: Han kan vende hjem til FCK
TRANSFER
Rasmus Højlund-transfer kan ske mandag
MEDIE
Stortransfer på vej? De vil hente Jens Stage
NYHEDER
Mølby om Eriksen: ‘Er du sindssyg?’
Michael Laudrup jubler: ‘Meget sjældent’
Legendesøn på vej i FCK: ‘Fantastiske kvaliteter’
HELT VILDT
Ekspert peger på choktransfer for Dolberg
Brian Riemer peger på tre årsager
Cooper-interview vækker opsigt: ‘Alarmerende’
‘Jeg tror, Thomas Frank får dette job’
FANKLUBBEN
Sådan bør strukturen i Superligaen være
EKSKLUSIVT Afsløring: AC Horsens tester nyt stortalent af
TIPSBLADET SPECIAL
Supercomputer: De rykker med Lyngby i Superligaen
Snart kan det give rødt kort
TOPNYHED
Kæmpe klapsalver og utilfredshed i Parken
TOPNYHED
FC København nærmer sig ny sportsdirektør
NYHEDER
De er sommerens dyreste SL-salg – ingen Franculino
TOPNYHED Overfuset: Victor Kristiansen meldes færdig
MEDIE
Braithwaite del af stor transferplan
Manchester United-stjerne kommenterer OB-opslag
Bo Svensson skriver Superliga-historie
Fifa hæver udbetalinger til VM-hold
TRANSFER
Ud af det blå – OB henter udlandsdansker
OPTAKT
Atletico Madrid – Arsenal
NYHEDER
Zorniger: ‘Det pisser mig dybt af!’
Afvist – Brøndby undrer sig
EKSKLUSIVT
Melder klart ud: Han har IKKE udløb
TOPNYHED
Bo Svensson svært utilfreds
AGF-profil stikker til FCM: Tror ikke det sker!
NYHEDER
– Cooper aner ikke, hvad der foregår i Brøndby!
EKSKLUSIVT Kærlighedserklæring – har fået Brøndby-tatovering
Jamie Carragher: Ingen tvivl – de hyrer ham!
EKSKLUSIVT
